導致孩子矮小的原因有很多，例如：
1、家族性矮小：一般父母身高較矮的，子女身高也矮。有時還會出現隔代遺傳現象，父母不矮，但祖父母或叔伯姑舅姨矮小，孩子也會矮小。
2、內分泌系統異常：如甲狀腺功能低下、糖尿病及垂體性侏儒症等都會引起孩子矮小。其中垂體性侏儒症就是平常經常講到的生長激素分泌減少引起的矮小症，稱為生長激素缺乏症。
3、中樞神經系統疾病：如出生前或出生過程中有缺氧導致新生兒缺氧缺血性腦病，腦積水、腦腫瘤及腦部手術、嚴重外傷等均可引起矮小症。
4、慢性消耗性疾病：例如兒童期的胃腸道吸收不良、尿毒症、肝功能異常、先天性心臟病等均可引起矮小症。
5、染色體異常：通常是先天性遺傳性疾病如先天愚型(21-三體綜合症)、先天性卵巢發育不全綜合徵(特納綜合徵)等。
6、宮內發育不良：因胎兒在母親體內缺氧、感染、營養不良等原因均可引起胎兒在子宮內發育不良，出生時身高體重均較同胎齡新生兒低，出生後也常會發生身高發育遲緩，最終身高矮小。
7、骨病：如軟骨發育不良、脊柱畸形等均可引起矮小症。
8、其他：如腎小管酸中毒、肝糖原累積症等代謝性疾病均可引起矮小症。
因此，引起兒童身高矮小的原因極其複雜，應該到醫院去及時檢查。在自己的孩子身高明顯低於同齡兒童時，家長千萬不要以為孩子發育遲所以長得慢而盲目等待。要是貽誤了時機，到青春發育開始後再診治就往往太遲了！
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