藥物可直接作用於胚胎，對其產生影響。也可間接通過生物轉化成為代謝產物後具有致畸作用。
妊娠期是個特殊的生理期，期間各系統均有明顯的適應性改變，藥物在孕婦體內發生的藥代動力學和藥效變化也會與非妊娠期有明顯的差異；藥物可直接作用於胚胎，對其產生影響；也可間接通過生物轉化成為代謝產物後具有致畸作用。所以孕產婦要合理用藥。
一、藥物對不同妊娠時期的影響
著床前期——是卵子受精至受精卵著床於子宮內膜前的一段時期，指受精後2周內。此期的受精卵與母體組織尚未直接接觸，還在輸卵管腔或宮腔分泌液中，故著床前期用藥對其影響不大，藥物影響囊胚的必備條件是藥物必須進入分泌液中一定數量才能起作用，若藥物對囊胚的毒性極強，可以造成極早期流產。
晚期囊胚著床後至12周——是藥物的致畸期，是胚胎、胎兒各器官處於高度分化、迅速發育、不斷形成的階段，首先是心臟、腦開始分化發育，隨後是眼、四肢等。此時孕婦用藥，其毒性能干擾胚胎、胎兒組織細胞的正常分化，任何部位的細胞收到藥物毒性的影響，均可能造成某一部位的組織或器官發生畸形。藥物毒性作用出現越早，發生畸形可能越嚴重。
妊娠12周至分娩——胎兒各器官已形成，藥物致畸作用明顯減弱。但對於尚未分化完全的器官，如生殖系統，某些藥物還可能對其產生影響，而神經系統因在整個妊娠期間持續分化發育，故藥物對神經系統的影響可以一直存在。
分娩期——用藥應考慮到對即將出生的新生兒有無影響。
二、孕產婦用藥原則
1、必須有明確指徵，避免不必要的用藥。
2、必須在醫生指導下用藥，不要擅自使用藥物。
3、能用一種藥物，避免聯合用藥。
4、能用療效較肯定的藥物，避免用尚難確定對胎兒有無不良影響的新藥。
5、能用小劑量藥物，避免用大劑量藥物。
6、嚴格掌握藥物劑量和用藥持續時間，注意及時停藥。
7、妊娠早期若病情允許，儘量推遲到妊娠中晚期再用藥。
8、若病情所需，在妊娠早期應用對胚胎、胎兒有害的致畸藥物，應先終止妊娠，隨後再用藥。
三、藥物對胎兒的危害性等級
美國FDA曾根據藥物對胎兒的致畸情況，將藥物對胎兒的危害性等級分為A、B、C、D、X五個級別。
A級：經臨床對照研究，無法證實藥物在妊娠早期與中晚期對胎兒有危害作用，對胎兒傷害可能性最小，是無致畸性的藥物，如適量維生素。
B級：經動物實驗研究，未見對胎兒有危害。無臨床對照試驗，未得到有害證據。可以在醫師觀察下使用。如青黴素、紅黴素、地高辛、胰島素等。
C級：動物實驗表明，對胎兒有不良影響。由於沒有臨床對照實驗，只能在充分權衡藥物對孕婦的益處、胎兒潛在利益和對胎兒危險情況下，謹慎使用。如慶大黴素、異丙嗪、異煙肼等。
D級：有足夠證據證明對胎兒有危害性。只有在孕婦有生命威脅或患嚴重疾病，而其他藥物又無效的情況下考慮使用。如硫酸鏈黴素等。
X級：動物和人類實驗證實會導致胎兒畸形。在妊娠期間或可能妊娠的婦女禁止使用。如甲氨蝶呤、乙烯雌酚等。
在妊娠前12周，不宜用C、D、X級藥物。
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