孕婦在孕期服用的藥物可以通過以下方式影響胎兒：通過對胎兒的直接作用，引起損害、發育異常或死亡。通過改變胎盤的功能，常常是引起胎盤血管的收縮、減少母親和胎兒之間的氧和營養物質交換。通過引起子宮肌層強有力地收縮，減少胎兒的供血量，損害胎兒。
藥物對胎兒的影響如何，取決於用藥時胎兒所處的發育階段，以及藥物的藥效和劑量。某些藥在妊娠早期，即受精後17天前服用，對胎兒的影響可以是“全有”或“全無”的;或者是殺死胚胎，或者完全沒有影響。這段時期，胎兒對致畸藥物有較高耐受力。但是在受精後的17～57天之間，胎兒對致畸因素的影響特別敏感。因為，此階段正處於器官發育時期，這時藥物進入胎兒體內可導致流產、明顯的先天畸形，或者引起一些永久的、出生時不易察覺後來才被發現的缺陷，或影響不明顯。器官發育完成後，藥物不太可能引起明顯的先天畸形，但可以影響胎兒以後的生長髮育和器官、組織正常功能的形成。
抗癌藥物
很多抗癌藥可以導致先天畸形，如宮內生長髮育遲緩、下頜發育不全、顎裂、顱骨發育異常、神經管缺陷、畸形足以及精神發育遲緩等。
反應停
這種藥已不再給孕婦使用，因為它可以引起胎兒明顯的先天畸形，包括嚴重的上肢和下肢發育不完全，以及腸、心臟和血管的畸形。
面板用藥
異維甲酸用於治療嚴重的痤瘡、牛皮癬和其他的面板疾病，它可以引起嚴重的先天畸形，最主要是心臟畸形、小耳和腦積水。致畸危險率大約為25％。依曲替酯是另一種用於治療面板病的藥物，也會引起人類先天畸形。因此，使用這種藥的婦女，至少在停藥一年後，才能懷孕。
性激素
雄激素用於治療各種血液疾病。如果在受精後的前12周用了雄激素和合成孕激素。可以使女性胎兒的外生殖器男性化。
己烯雌酚是一種人工合成的雌激素。在孕期服用過己烯雌酚的孕婦，分娩的女嬰在青春期可能患陰道腺癌。而且這類女孩後來發生子宮腔異常、月經病、宮頸功能不全、自發流產、異位妊娠以及胎兒出生前死亡的危險增加。受影響的男性胎兒可出現陰莖畸形。
美克洛嗪
美克洛嗪常常用於暈動症所致的噁心、嘔吐，在動物中可引起先天畸形，但在人類還沒有發現類似畸形。
抗癲癇藥
患癲癇的婦女在孕期服用了某些抗癲癇藥，胎兒可能發生顎裂，心臟、面部、骨骼、手以及內臟器官的發育異常。也可出現精神發育遲緩。兩種抗癲癇藥特別容易引起先天畸形：三甲雙酮的致畸危險率約為70％;丙戊酸的危險率約為1％。卡馬西平是另一種抗癲癇藥，被認為可引起相當多的不重要的出生缺陷。
用過苯妥英鈉和苯巴比妥的孕婦所生嬰兒出生時容易出血。因為這些藥可引起維生素K缺乏。
疫苗
除了在特殊情況下，用活病毒製成的疫苗都不能用於將要懷孕或已經懷孕的婦女。只有在她們確實有感染上這些微生物危險時，才能接種。
甲狀腺藥物
如果必須使用，一般選用丙硫氧嘧啶，因為胎兒和孕婦對它都有較好的耐受性。
口服降糖藥
可用胰島素來控制妊娠婦女的糖尿病。
麻醉劑和非類固醇抗炎藥
孕期如服用了大量的阿司匹林或其他的非類固醇抗炎藥，可延遲分娩發作。可以引起胎兒的主動脈和肺動脈之間連線的動脈導管在出生前閉合。
妊娠晚期用了非類固醇抗炎藥，可使羊水量減少，對胎兒是一種潛在的危險。服用大劑量的阿司匹林可以引起孕婦和新生兒出血。阿司匹林或其他水楊酸鹽可引起胎兒血中膽紅素水平增加，產生黃疸，偶爾可損害胎兒大腦。
抗焦慮藥和抗抑鬱藥物
在妊娠前三個月服用抗焦慮藥有可能引起胎兒先天畸形，大多數抗抑鬱藥在孕期應用，是相對安全的。但是鋰可以引起先天畸形，主要是心臟畸形
抗生素
四環素可以通過胎盤沉積於胎兒骨骼和牙齒中與鈣結合，孕期應避免使用四環素。
妊娠期使用鏈黴素、卡那黴素這類抗生素可以損害胎兒的內耳，導致耳聾。氯黴素對胎兒無害但在新生兒中可以引起灰嬰綜合徵。環丙沙星在孕期不能使用，因為已經在動物中顯示可致關節畸形。青黴素是安全的。
大多數磺胺類抗生素在孕晚期服用也可引起新生兒黃疸，嚴重時可導致大腦損害，但是有一種磺胺類抗生素，柳氮磺吡啶很少引起這種副作用。
抗凝血藥
發育中的胎兒對華法林高度敏感。如果在妊娠前三月內服用這種藥物，約有1/4的嬰兒可能發生明顯的先天畸形。同時，胎兒和母親也可能發生異常出血。用肝素抗凝相對安全得多。但持續使用也會導致孕婦血小板數減少或骨質疏鬆症。
心血管疾病藥物
對先兆子癇或子癇的孕婦頻繁用藥降低血壓，可以影響胎盤功能。
孕期服用呋喃妥因、維生素K、磺胺及氯黴素這類藥物，可引起葡萄糖-6磷酸脫氫酶(G6PD)缺乏的胎兒和孕婦溶血。
分娩和生產時用藥
區域性麻醉藥、麻醉劑和其他鎮痛劑一般都能通過胎盤對新生兒產生影響，導致發生呼吸困難。因此，如果分娩時需要使用麻醉藥，應給予最小的有效劑量，並儘可能推遲給藥，使胎兒在分娩前儘量少吸收麻醉藥。
其他藥品
吸菸，妊娠期吸菸是有害的。妊娠期吸菸母親分娩的嬰兒平均出生體重比不吸菸母親所生嬰兒少170g。流產、死胎和嬰兒猝死綜合徵(SIDS)在孕期吸菸母親的嬰兒中發生率都可能增加。
飲酒，孕婦在妊娠期飲酒可引起新生兒缺陷。孕婦大量酗酒，可能出現胎兒酒精綜合徵。這些嬰兒生長髮育遲緩、小頭、面部畸形以及智力低下。少見的缺陷有關節畸形、心臟畸形。
孕期過量飲用咖啡是否對新生兒有害還不清楚。
可卡因，妊娠期使用可卡因可以增加流產、胎盤早期剝離，大腦、腎臟和生殖器官先天畸形的危險。引起新生兒行為異常的相對少見。
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