膽囊炎、膽石症膽囊癌患者的80-90%伴有膽結石，一般認為膽結石引起的慢性感染長期刺激膽囊上皮使之增生和癌變。有報道膽結石的大小與膽囊癌發生的機率呈正相關。亦有報道慢性膽囊炎伴有膽囊壁鈣化者其癌變率達12.5-61%。
膽汁中的致癌因子有人將少量甲基膽蒽（methylcholanthrene），植入6只貓的膽囊內，結果有5只貓誘發了膽囊癌。膽汁中的膽固醇和膽酸鹽，在梭形芽孢桿菌等厭氧菌作用下，可將其演變成化學結構與甲基膽嗯相似的化學物質，故認為膽汁中含有的這些致癌因子與膽囊癌的發生有關。
其它有人認為膽囊癌的發生與膽總管下段和主胰管匯合連線處存在畸形有關，該畸形導致胰液返流入膽囊而引起慢性刺激，使膽囊粘膜上皮變性、化生，最後發生癌變。亦有人認為膽囊癌的發生是飲食因素、細菌和寄生蟲感染、膽結石等多種因素作用的結果。
膽管癌亦與膽結石關係密切，據報道膽管癌合併有膽結石者佔64-100%，但亦有認為膽管癌與膽結石關係不如膽囊癌密切。有報道慢性潰瘍性結腸炎及肝華枝睪吸蟲感染與膽管癌的發生有關。先天性膽總管囊腫約有18%的患者可發生膽管癌，癌腫好發於囊腫之後壁，亦可發生於囊腫周圍的膽管內。原發性硬化性膽管炎與膽管癌的關係尚有爭議，有人認為原發性硬化性膽管炎本身就是一種惡性程度較低進展緩慢的膽管癌。
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