甲狀腺乳頭狀癌對化療不敏感，一般來講，到了中晚期的病人，做完手術之後需要放療，早期、甚至一些中期的病人都不需要放療就可以了。甲狀腺乳頭狀癌早期的預後效果好，經過手術治療，十年的生存率在95%左右。
不過，也不能覺得甲狀腺乳頭狀癌惡性程度低就很“安全”，如果不早發現早診斷，不及時進行正規的治療，晚期甲狀腺乳頭狀癌的術後效果是會受到影響的。此外，有些癌瘤即使較小，但如果生長位置不好，比較“刁”，比如靠近喉返神經，腫瘤就會早期侵犯該神經而導致聲音嘶啞，並且這種聲音嘶啞即使手術也不能恢復了，這種病例並不少見。
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