嚴重的先天性肌性斜頸在保守治療一年左右腫塊仍未完全消失或者肌肉已經嚴重纖維化攣縮變硬，明顯牽拉患側頭部偏斜，限制患兒向患側轉頭的正常角度，使其無論通過自身運動亦或外力作用都不能恢復正常旋轉的85-90度功能可以考慮手術，注意手術的前提是肌肉的病變，失去正常彈性功能硬化攣縮如骨的肌肉，而不是B超顯示擁有正常肌纖維的肌肉。也就是說習慣性(姿勢性)斜頸的孩子即便一歲以後由於平衡發育的問題尚未完全康復也不能輕易將正常肌肉切除。
而腫塊仍未完全消失的孩子應該在停止治療半年後或一年後觀察腫塊的情況再決定是否手術，期間要自己在家給孩子轉頭，不斷的糾正習慣，三個月複查一次。據個人臨床觀察，除非開始治療的手法過猛或者不得當，大多數腫塊會在六個月至一歲半左右消失，個別孩子會到兩歲半至三歲才完全消失。腫塊消失後要看遺留的條索狀胸鎖乳突肌是否攣縮變硬影響到頭部向患側的旋轉功能來決定是否手術以及手術的最佳時間，儘量保留多點正常功能的肌肉以便外觀上對稱好看。
一般國內多數學者認為的最佳手術時間為1歲半至3歲，個別症狀不明顯，功能基本不受限的孩子選擇3歲以後手術也是可以的。術後要注意繼續堅持家庭拉伸轉頭不少於3個月直至確定胸鎖乳突肌術口不會重新粘連變短，同時不斷的提醒糾正孩子的習慣，嚴重的可以帶矯形器幫助固定拉伸肌肉，堅持帶孩子到手術醫生以及康復醫生處定期複查。家長不應有做完手術順其自然就會好的錯誤思想。
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