肛瘻的形成，是肛門直腸周圍膿腫發展的必然結果，形成肛瘻大致要經過四個階段：
第一個階段
肛隱窩、肛門瓣感染髮炎。
開始僅限於區域性的發炎，這時若未能及時治療，炎症即可以向肛門周圍蔓延。
第二個階段
炎症從區域性的肛隱窩和肛門瓣開始，逐漸蔓延擴散，形成肛門直腸周圍炎。
如果炎症不能得到控制，就可能侵入到抗病能力低的組織間隙中。
第三個階段
由於肛門直腸周圍組織間隙抗病能力下降，便成為病菌入侵、擴散、積聚繁殖的地方，致使這裡的組織容易感染髮炎，正不勝邪，而形成肛門直腸周圍膿腫。
若肛門直腸膿腫在早期能夠處理得當，往往可使膿腫消散治癒，不遺留後遺症；如延誤早期的治療時機或處理不當，組織壞死，膿液可順其區域性間隙擴散，使病情加重並複雜化。因此應儘早手術切開引流，使膿液排洩，控制炎症發展。
第四個階段
肛門直腸周圍膿腫自行潰破或經切開引流換藥處理後，膿腔雖逐漸縮小，但潰瘡卻久不收口，這時腔壁已形成結締組織增生的堅硬管道壁，中間遺留之空隙，就是瘻道，膿液經常從瘻道流出，反覆感染，反覆發作，經久不自愈，而成為瘻管。
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