尖銳溼疣根據皮疹特點、發病部位、發展情況結合可能詢及的接觸史，一般診斷不難。亞臨床感染可單獨或與典型損害並存，可用醋酸白試驗或甲苯胺藍試驗幫助確診。對於潛伏感染可用原位雜交或聚合酶鏈式反應（PCR）證實。
需要與之相鑑別的病常見的有下述幾種：
(1) 扁平溼疣：為表現扁平的潮溼的丘疹，常常融合，基底不窄，可找到梅毒螺旋體，梅毒血清學陽性。
(2) 女陰假性溼疣：又稱女陰尖銳溼疣樣丘疹，多見於青壯年。皮疹位於兩側小陰脣內側面，為群集不融合的魚籽狀或息肉狀小丘疹，觸之有顆粒感或柔軟感，淡紅色，較潮溼，一般無自覺症狀，有的有輕度癢感。
(3) 陰莖珠狀丘疹：多見於青壯年，為冠狀溝部珍珠狀半透明丘疹，白色、淡黃或紅色，呈圓錐狀、球狀或不規則狀，沿冠狀溝排列成一行或數行，甚或包繞一圈，無明顯覺症狀。
(4) 鮑溫樣丘疹病：皮疹常由多個色素性丘疹組成，也可單個出現，散在分佈或有群集傾向，排列成線狀或環形，嚴重可融合成斑塊，發展緩慢（數月或數年），本病為原位鱗癌，或由尖銳溼疣發展而來。本病女性稍多，分佈部位主要在大小陰脣、肛周。
(5) 皮脂腺異位症：丘疹在粘膜內，無重疊生長，多為淡黃色。
(6) 皮脂腺增生：淡黃丘疹，無蒂，無棘刺，無重疊，無融合。
(7) 繫帶旁腺增生：包皮繫帶兩側成對排列的皮色或淡紅色丘疹，有的表面可見輕度棘刺狀。丘疹基底不窄，粟粒或針頭大，無明顯自覺症狀。
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