目前常用的尖銳溼疣治療方法有鐳射、冷凍等物理學方法；鬼臼毒素等藥物的化學方法；咪喹莫特等藥物的免疫調節方法，但每一種方法治療後均可引起疣體不同程度的復發。
復發的表現為：疣體治療後臨床可見疣體消失，此為治癒，但每種方法治療後都有復發可能，再次應用上述方法治療仍然有效，以至病情反覆。復發的根本原因為患處面板溫暖潮溼及感染的HPV病毒未完全清除。
尖銳溼疣的根治在於清除疣體後消滅HPV，常用的消滅HPV方法有干擾素等抗病毒藥物，咪喹莫特免疫調節劑及強有效的ALA-PDT，後者可調節區域性細胞的免疫功能（HPV感染後機體產生的免疫主要是細胞免疫），增強其清除病毒的作用。
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