扁桃體是人體免疫臟器之一，也是人體重要的安全衛士之一。說它是免疫臟器是因為扁桃體內密集駐紮著豐富的淋巴組織，它們可以產生大量的免疫抗體及細胞因子，直接或間接地殺滅入侵的細菌和病毒，對人體組織起著非常重要的保護作用；說它重要是因為它鎮守的區域是人體與外界接觸的第一要道—-咽部，周圍的空氣及來源各異的食物、藥物等異性物質每天必經此道或在此停留（扁桃體隱窩內），這些外源性物質本身對咽部及扁桃體產生刺激外，含有大量細菌（溶血性鏈球菌、葡萄球菌和肺炎球菌等）的異物則可以刺激扁桃體和咽部淋巴組織產生急慢性炎症反應。正常情況下，由於扁桃體表面上皮完整和粘液腺不斷分泌，可將細菌隨同脫落的上皮細胞從隱窩口排出，維持區域性環境的清潔。當機體抵抗力下降或上皮細胞防禦機能減弱或腺體分泌機能降低時，扁桃體就會遭受細菌感染而發炎。
一旦扁桃體出現炎症時，除了區域性炎症反應外，扁桃體自身還會產生大量的炎症介質（如白介質2、白介素-6、腫瘤壞死因子-α、r 等）引發全身炎症反應。
扁桃體與腎臟相隔千里，為何扁桃體炎症後會引起腎臟損害呢？
腎組織細胞成份中有多個與鏈球菌中的某些成份相似，機體一旦發生鏈菌感染後，體內針對鏈球菌產生的抗體就會交叉作用在與其結構相類似的腎組織細胞上，引起腎臟炎症性損害。醫學上稱之為急性鏈球菌感染後腎炎，病理學上也稱為毛細血管內皮細胞增生性腎炎。此類腎炎通常好發於學齡期兒童，成人後發作者少見，多發生在唿吸道或面板鏈球菌感染後1-3周內。臨床表現不同程度的少尿和浮腫、可以出現高血壓及肉眼血尿等兒童不常見的症狀。
扁桃體與腎臟另一個關聯密切的疾病是IgA腎病。此病好發於年青人，多在扁桃體感染後三天內發病，臨床表現咽痛伴或不伴發熱、一過性肉眼血尿、劇烈腰痛三聯症。熱退一週內肉眼血尿可自行消失。這也是扁桃體感染後刺激其釋放大量炎症介質以及大量的免疫球蛋白A（IgA），這些釋放在血液中的炎症介質流經腎臟時不僅可以刺激腎組織區域性的炎症反應，IgA還可以長期停留在腎組織中引起其它慢性炎症反應。
正因為扁桃體與腎臟有著千絲萬縷的內在聯絡，故慢性腎病的患者切記要注意預防急慢性扁桃體炎症。一旦發作，必須在最短的時間將其控制。
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