嬰兒消化不良的症狀目前認為是多因素綜合作用的結果。絕大多數寶寶消化不良都是功能性的，分為餐後不適綜合徵（表現為餐後飽脹或早飽）和上腹痛綜合徵（表現為上腹痛或燒灼感）兩個亞型。具體表現為以下幾個方面：
1、食慾減退：未被消化的食物堆積發酵會讓孩子減少食慾，孩子會出現不吃或吃得很少的情況。
2、餐後飽脹：寶寶進食正常食量後出現餐後飽脹不適感，年齡小的寶寶由於不會表達腹痛可能就會表現為哭鬧。
3、早飽感：寶寶進食比正常更少的食物就會出現飽腹感。
4、夜臥不寧：由於積食產生的內熱，寶寶晚上睡的不安寧，睡眠中身子不停翻動，啼哭、燥熱。
5、口臭：寶寶撥出的口氣中有酸腐味，特別是早晨剛起床，這是因為乳食停滯的緣故；觀察他的舌苔可能比較厚、黃膩或舌汁有點發紅。
6、排便異常：排便不規律，大便狀態不正常，大多數孩子由於腸胃消化問題會出現腹瀉拉稀或便祕等症狀。
7、產生聲響：由於消化機體功能出現紊亂，導致一些食物殘留在消化道內部，這些殘渣經微生物發酵會產生氣體，這些氣體便會引起孩子肚子脹、打飽嗝、腹部發出響聲、放屁多等症狀。
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