寶寶消化不良的治療分為一般治療與藥物治療兩種。
1、一般治療：幫助寶寶的家長認識和了解病情，指導其改善寶寶的生活方式，調整飲食結構和習慣及改變排便習慣等。給寶寶吃的食物必須是新鮮烹製的，避免食用油膩的食物，並且最好不要吃糖分含量比較高的以及富含高蛋白高脂肪的食物，還有豆類食物也要少吃，少量多次進食，適當增加活動。
2、藥物治療：根據寶寶的臨床表現及其與進餐的關係，可選用促胃腸動力藥、抗酸藥和抑酸藥，一般療程2～4周。治療無效者可適當延長療程，並可進一步檢查，明確診斷後再進行治療。有幽門螺桿菌感染者，需行幽門螺桿菌的根除治療。
（1）促胃腸動力藥：如果寶寶有餐後飽脹、早飽等症狀，可以服用促胃腸動力藥，如枸櫞酸莫沙必利、甲氧氯普胺、多潘立酮，但是一定在醫生指導下使用且不可長期大劑量的給寶寶服用，容易引起副反應。
（2）抗酸藥及抑酸藥：如果寶寶有明顯的腹痛、反酸、燒心等症狀，可以服用鋁碳酸鎂、複方氫氧化鋁、碳酸鈣口服混懸液等抗酸藥；奧美拉唑、雷貝拉唑、埃索美拉唑等抑酸藥。此類藥物已廣泛應用於消化不良的治療。
（3）根除幽門螺桿菌：用抑酸藥如奧美拉唑、雷貝拉唑等聯合克拉黴素、羅紅黴素等抗生素根除幽門螺桿菌。臨床研究表明根除幽門螺桿菌後可使部分患者症狀得到長期改善。
3、腸道益生菌的應用：乳酸桿菌、雙歧桿菌、布拉氏酵母菌散等腸道益生菌能抑制腸道病原菌的生長、增強機體免疫功能，此外還參與了內源性物質的消化分解，通過增強或降低消化道酶的活性，或產生各種消化酶而促進消化功能。
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