小嬰兒的消化系統是非常稚嫩的，有很多原因會導致寶寶出現消化不良的症狀。如感染、胃腸道炎症、先天性的乳糖不耐受、餵養不當、護理不當等等。
小嬰兒的消化器官發育不完善，消化液分泌不充足，酶的功能不完善，胃以及腸道內黏膜柔嫩，胃腸蠕動比較慢，腸道內菌群沒有完全的建立，脾胃功能虛弱，如果父母不能正確的餵養，孩子就會出現肚子脹、吐奶、大便稀、有酸臭味，並且有大量未消化的食物殘渣等消化不良的表現。
1、餵養不當：
（1）給寶寶吃難消化的食物；
（2）食品搭配的不合理；
（3）給寶寶嘗試太多新食物；
（4）一次吃太多。這都會導致寶寶消化不良。
2、感染因素：一些病毒感染，像諾如病毒、輪狀病毒，這些病毒感染都有可能導致寶寶消化不良。另外像細菌感染也容易導致寶寶出現感染性腹瀉的情況。
3、胃腸道炎症：當寶寶患有胃腸道炎症時，胃腸道的消化功能會大為減低。
4、濫用抗生素：近年來抗生素的大量使用使得人們的身體已經產生了耐藥性，抵抗力下降。而寶寶的胃腸功能本身就就發育不完善，會加重寶寶的消化不良症狀。
5、乳糖不耐受：有些寶寶對乳糖不耐受，這種情況下寶寶也會出現消化不良的情況。有些寶寶對奶粉過敏也會出現消化不良的情況。
6、護理不當：
寶寶在平時的護理過程中出現護理不當，導致寶寶腹部受涼，這種情況下也會導致寶寶胃腸功能紊亂，出現消化不良症狀。
除了以上因素外，天氣變冷、機體抵抗力低下、食物過敏食物不耐受也可引起消化不良的情況。幼兒長期消化不良會造成營養攝入不足，影響生長髮育。
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