保守治療
肛周膿腫的治療方法沒有太多選擇，治癒的方法只有手術，且越早越好。在條件不成熟或是身體條件不許可的情況下可以選擇藥物治療，靜脈或口服抗生素，區域性外敷，但效果可能都不理想。
手術治療
1、切開排膿，局麻下切開排膿，緩解症狀，術後換藥，這種手術方式多需要二次肛瘻手術，這種手術多應用於患者身體情況不許可或是暫時應急處理。優點是創口小，不需要住院，很快可以恢復行動和工作，缺點是需要二次手術，治療週期長，治療費用相對增加。
2、一次根治手術
經過長期的研究表明，只要不是血緣性的感染，儘量採取一次性肛周膿腫手術根治術，90%以上的肛周膿腫患者是可以一次性手術根治的，一次性手術治療的優點有以下幾個方面：一次手術比兩側手術痛苦小，療程短，分次手術，通常需要三個月到半年後才能進行第二次手術，節約了醫療費用。
目前根治術一般有三種方法：第一個就是低位膿腫，直接切開引流，第二個就是高位的膿腫需切開引流加掛線治療，掛線使括約肌被緩慢切開，兩側斷端產生粘連、固定，很少發生回縮和移位。掛線還可起到引流作用作用，使分泌物和壞死組織液沿著掛線引流排出，從而保持引流暢通，防止發生感染。掛線的目的就是儘可能的保護肛門功能，近年來還有學者提出了高位膿腫的雙向等壓引流術式。
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