尖銳溼疣的治療原則是儘可能去除可見的疣體並減少復發，但無論用何種治療方法，該病的復發總是難免的，一般治療後6到8個月不復發就達到臨床治癒。
外用藥物有以下幾種，5%足葉草毒素酊，50%的三氯醋酸溶液，5%的咪喹莫特霜或干擾素凝膠等藥物。物理治療有液氮冷凍，二氧化碳鐳射，電灼等方法。目前較好的可以顯著降低複發率的治療方法是艾拉光動力療法，採用光敏劑5-氨基酮戊酸外敷於體表面，然後用紅光予以區域性照射，可以治療疣體及潛伏感染病灶，大大降低複發率。口服調節免疫的藥物有胸腺肽，轉移因子，黃芪顆粒，白芍總苷膠囊等。也可以用干擾素100萬到300萬單位直接注射於疣體的基底部區域性封閉治療。尖銳溼疣主要通過性接觸傳染，發病期間避免性生活，不與其他人共用毛巾，盆，浴巾等生活用品，患者的內褲用開水洗燙以防交叉感染。
總而言之，尖銳溼疣的治療是以物理治療為主，輔助藥物治療，另外個人護理也很重要。
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