目前治療尖銳溼疣方法很多，多采用區域性療法與全身療法相結合。主要是以外治為主，內治為輔。包括藥物治療冷凍治療鐳射治療，光動力療法，電燒治療，手術治療。
1、藥物治療。目前無特效藥品，多使用抗病毒藥物如干擾素，以及鬼臼毒素，中藥外洗等。
2、液氮或二氧化碳乾冰冷凍。是一種比較老的治療方法，目前已很少使用。使疣組織(即面板損害區域性)壞死。尖銳溼疣是由於尖銳溼疣病毒的感染，導致面板粘膜的良性增生。它有大量的小血管，增殖迅速。用冷凍的方法可使尖銳溼疣內結冰，形成組織區域性的高度水腫，從而破壞疣體。治癒率約70％左右，但複發率較高。治療過程中會有區域性紅腫，疼痛及水皰反應。可用噴霧法或直接接觸法，適用於平坦較小的疣體。一般每週冷凍1次，連續2～3次。複發率較高。
3、二氧化碳鐳射。對錶淺的溼疣合適;它的特點是見效快，在治療的當時，疣體即可脫。常用的是二氧化碳鐳射，燒灼疣體，一般1次即可使疣體脫落。但是，由於鐳射的光束過於集中的原故，鐳射治療只適用於疣體不太大的尖銳溼疣，如疣體較大，鐳射治療很容易復發。治癒率達80％。複發率較高。
4、電灼治療尖銳溼疣。電燒灼是較老的一種治療方法。過去醫師常用高頻電刀或電烙鐵燒灼尋常疣、色素痣及其他面板贅生物。它的特點是操作簡單，見效快，但損傷大，複發率較高。高頻電刀能直接切除和乾燥疣體，治療也較徹底，但是電燒灼瘡面癒合較緩慢。綜上所述，電燒灼治療，可用於任何尖銳溼疣的治療，但是對施術者的技術要求較，燒灼太過或不足都是有害的。同時要注意無菌操作，預防感染。高頻電刀或電針，對宮頸或陰道較小病損治療較合適。較大的疣則需分批電灼。
5、手術切除。對帶蒂的較大、孤立的疣體可考慮手術切除。尖銳溼疣一般不主張手術切除，因為手術治療後，尖銳溼疣很容易復發，使治療失敗。但對帶蒂的、較大的疣體或疑有惡變者，可考慮手術切除。有的患者尖銳溼疣生長過於迅速，或大如菜花，其他治療十分困難，可考慮手術治療。為防止復發，術後配合其他治療。根據疣塊、覆蓋面積，選擇病灶切除或外陰切除。
6、光動力療法。療效確切，清除率高，1-3次治療可達98.42％，複發率低，是目前唯一一種可以清除HPV亞臨床感染和潛伏感染病灶的方法，可以顯著降低複發率，複發率僅為6％-10.77％。是目前治療尖溼疣的理想治療方案。治療時不需要麻醉，無痛苦，無創傷，不留疤痕。尤其適用於尿道內，宮頸內，肛門周圍等特殊解剖部位的治療，特別適合治療反覆復發的尖銳溼疣以及用其他療法治療無效的患者。
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