尖銳溼疣治療目的是儘可能去除可見的疣體，減少復發。目前的治療方法主要包括區域性藥物治療、物理療法、光動力療法、手術治療和免疫治療等。但由於患者性別、年齡、部位、疣體大小和患者的經濟狀況等多種因素的影響，決定CA的治療須採取個體化治療方法。
1、區域性藥物治療
治療藥物有足葉草毒素、足葉草酯、三氯醋酸、5-FU霜、5％咪喹莫特霜等。區域性藥物治療適用於男女外生殖器部位的尖銳溼疣，且疣體不大的CA治療，這種治療方法方便，患者可在家中自己治療，但使用方法要得當，且需注意藥物的副作用和不良反應。
2、物理治療和光動力療法
有鐳射、冷凍、微波和光動力療法等。多數CA可採用物理治療，但鐳射、冷凍、微波等物理治療雖可快速祛除疣體，但卻不能有效消除HPV亞臨床感染和潛伏感染，故治療後不但容易復發，且這種治療痛苦大，易感染和形成瘢痕等缺點。鹽酸氨基酮戊酸光動力療法（ALA-PDT）是近年來治療治療尖銳溼疣的一種新方法，這種療法可清除亞臨床感染和潛伏感染，具有痛苦小，複發率低，愈後不留瘢痕等優點，尤其適用尿道CA、小兒CA的治療， 光動力療法也可與其它療法聯合應用降低複發率。
3、外科治療
適用於較大的疣體，手術切除效果較好，但手術切除治療創面大，術後易形成瘢痕。
4、免疫療法
干擾素、轉移因子和胸腺肽等有調節機體免疫力的作用，可作為CA的輔助治療。
總之，尖銳溼疣治療方法的個體化選擇，既可達到較好的治療效果，又可減少不良反應的發生，但無論採取何種療法，均有復發的可能性，最好採用聯合療法，降低CA複發率。
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