(一)男女兩性在外生殖器部位所見到的疣體，如果單個疣體直徑<5mm、疣體團塊直徑<10mm、疣體數目<15個，則外用藥物治療。
(二)男性尿道內和肛周，女性的前庭、尿道口、陰道壁和子宮頸口的疣體，或男女兩性的疣體大小和數量均超過上述標準者，建議用物理方法治療。
(三)物理療法治療後，體表尚有少量疣體殘存時，可再用外用藥物治療。
(四)無論藥物治療或物理治療，必需作醋酸白試驗，儘量清除疣體損害，以減少復發。
二、外用藥物
(一)0.5％鬼臼毒素酊是首選的藥物。方法是將藥液塗於疣體上，每天用藥2次，連續3天為一個療程。如果疣體沒有脫落，則在休息4天后作第二療程治療，可連續用藥三個療程。不良反應主要是區域性疼痛，紅腫，沒有發現全身性不良反應。孕婦禁用。
(二)10％～25％足葉草酯酊由於毒性較大，已逐漸被其提純產物0.5％鬼臼毒素酊所代替。每週一次，每次用藥藥量不應超過0.5ml，1～4小時後將藥液洗去;用藥6次未愈應改用其它療法。孕婦禁用。
(三)三氯乙酸溶液 濃度從30％～80％不等，這是一個化學腐蝕劑，應由有經驗的醫護人員使用，不宜交患者本人使用。每日一次，將藥液直接塗於皮損上，用藥6次未愈應改用其它療法。
(四)2.5％～5％氟尿嘧啶軟膏主要作用為干擾並抑制RNA的合成。外用每天1～2次，至疣體脫落，若周圍正常面板黏膜出現紅腫、糜爛，則應暫停使用。
(五)5％咪喹莫特(imiquimod)乳膏
咪喹莫特屬於非核苷類異環胺類藥物，外用可通過誘導機體產生干擾素(IFN)、腫瘤壞死因子(TNF)和白介素(IL)等細胞因子，發揮免疫調節作用，主要用於治療HPV感染引起的外生殖器和肛周尖銳溼疣。本品一般在日常入睡前使用，隔日1次,療程可達16周。咪喹莫特並不會破壞面板組織，但在外用部位可引起紅斑、糜爛、水腫、剝脫、鱗屑和瘙癢、灼熱感等輕、中度的刺激。
(六)干擾素部外用干擾素通過刺激T細胞及對病毒的抑制作用而起到治療效果，對小的尖銳溼疣有一定效果。外用的優點是藥物無刺激性，區域性不會出現紅腫、疼痛等不良反應。缺點是起效較慢，需連續外用4～6周。亦可區域性注射，但疼痛較著且需多次治療，不易為患者所接受。局在尖銳溼疣以較為快捷的方法治療後，可外塗干擾素軟膏，一則對亞臨床感染的損害起治療作用，二則可起預防復發的作用。
二、物理療法
(一)液氮冷凍用棉籤浸蘸液氮後，稍加壓放置於皮損上數秒鐘，如此反覆多次。每週1次，一般需數次治療。不良反應有區域性水腫，可持續數天。
(二)二氧化碳鐳射適於疣體較小的病例。在女性宮頸口、男性尿道口的尖銳溼疣難以外用藥，可採用二氧化碳鐳射治療。
(三)光動力學治療(PDT) 方法是將新鮮配製的20％ALA溶液持續外敷於患處3小時，然後用150mJ/cm2的氦-氖鐳射連續照射20～30分鐘。間隔1～2周治療一次，一般1～3次可治癒。治療尿道口尖銳溼疣獲得98％以上的治癒率，而且複發率很低。
(四)電灼 適於有蒂、大的尖銳溼疣。當尖銳溼疣呈菜花或疣贅狀生長時，基底常形成蒂，此時先以電灼法在蒂部作切割是理想的治療手段，剩餘的損害可採用冷凍、鐳射或藥物等治療。
(五)手術 適於大的尖銳溼疣。以手術方法將疣的主體切除，等傷口癒合後採用區域性藥物或冷凍等手法。有的患者包皮過長，建議作包皮環切術。
三、系統治療
(一)干擾素100萬U至300萬U皮下或肌肉注射，隔日或每週注射2次。有一定效果。免疫功能低下的尖銳溼疣患者可以選用。
(二)左旋咪唑鑑於部分尖銳溼疣患者的細胞免疫功能低下，故而採用本藥，有口服及外用二種。口服每天3次，每次50mg，服用3天，停11天為一療程，可連續服用數個療程。外用系將左旋咪唑溶液塗於左前臀屈側。
(三)其他免疫調節劑如轉移因子等。
四、治療中應予注意的幾個問題
(一)復發尖銳溼疣的判愈標準是疣體消失，一般在治療後3個月內治療部位無再生疣即為基本治癒。在治療前對所有尖銳溼疣患者均應先作醋白試驗，以辨認出病變範圍，尤其是處於亞臨床感染的病損，以減少復發。
(二)再感染對患者的配偶或性伴侶應作檢查，如患有尖銳溼疣，同時進行治療。否則，可造成患者再感染。
(三)男性尿道口尖銳溼疣治療建議以二氧化碳鐳射或光動力學治療(PDT)破壞疣體，數日後待創面癒合，外用氟尿嘧啶溶液(250mg/10ml注射液)滴於尿道口內，每天1～2次。
(四)女性尖銳溼疣患者治療應以窺器配合醋白試驗以檢查宮頸上皮有否受到感染。由於HPV16及18型的慢性感染可導致宮頸上皮的非典型增生，乃至宮頸癌的發生，因此需對宮頸尖銳溼疣，包括亞臨床感染的損害予以及時治療。
(五)跟蹤治療
1、對已經基本治癒的患者，建議外用干擾素軟膏、5％咪喹莫特霜等區域性刺激作用小，無明顯不良反應的藥物。以上外用藥可每天一次或隔日一次，連續應用2～3個月。
2、尖銳溼疣患者治癒後應定期隨訪，一般2～4周1次，持續3個月，每次隨訪均應行醋酸白試驗。在完全治癒前，應囑患者避免性生活。
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