婦科囊腫的症狀跟囊腫發生的部位和大小有關，有些沒有明顯的症狀。
婦科囊腫主要可以發生在外陰部位，比如比較常見的前庭大腺囊腫，如果囊腫比較小，可以觸到陰脣部位有包塊，如果囊腫比較大，甚至化膿，一側陰脣腫大，可以觸控到有波動感的包塊，患者會感覺到外陰疼痛，有些會影響到走路，行走時疼痛加重；如果囊腫發生在宮頸部位，也就是宮頸納氏囊腫，患者可無明顯症狀，有些是在婦科體檢中被發現，也有些患者可以表現為陰道或者宮頸分泌物增多或者伴有異味，在行婦科檢查時被發現宮頸有囊腫，如果囊腫比較大，建議行治療，如果囊腫比較小，可以不處理；如果囊腫發生在卵巢部位，囊腫比較小時患者可無症狀，大多數是在B超體檢時被發現，如果囊腫大小在5釐米以內，抽血查腫瘤標誌物CA-125正常，則可以定期三個月複查，如果囊腫比較大或者超過5釐米，有些患者可以表現為腹痛、痛經、不孕及尿頻等。
所以婦科囊腫可以無症狀，也可能因囊腫生長在不同部位和囊腫的大小而症狀不同。
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