飛蚊症多數情況下是因為玻璃體的變性、液化、後脫離所引起的一種自然老化現象，稱為生理性飛蚊症，一般不用特別處理。病理性的飛蚊症可以是玻璃體牽拉出現視網膜裂孔、視網膜脫離或視網膜小血管破裂導致，也可以是高血壓、糖尿病等病因引起玻璃體出血導致，需要立即就診，進行嚴密觀察、藥物治療或者手術治療。
生理性飛蚊症一般只是輕微的、個別幾個黑點飛舞，一般出現在四五十歲中年以後，但近視度數比較高的可出現比較早，高度近視甚至可以在青少年時就出現飛蚊症。生理性玻璃體混濁一般不需要治療，較重的可以應用卵磷脂絡合碘、氨碘肽滴眼液促進吸收；對於個別特別嚴重的飛蚊症，像下黑雨或者玻璃體腔絮狀渾濁明顯的，影響日常生活質量的，可以進行鐳射治療或玻璃體切割手術。中醫學的領域裡認為治療飛蚊症的關鍵就是活血化瘀、清肝明目以及疏通經絡等，比如赤芍、丹蔘、三七、川芎、決明子、龍膽草等，亦可服用石斛夜光丸。病理性飛蚊症的治療方法根據病因不同而異，因為玻璃體牽拉引起的視網膜裂孔或小範圍的視網膜脫離可進行眼底鐳射光凝，較大範圍的視網膜脫離則需要手術治療。因為視網膜靜脈阻塞、糖尿病視網膜病變等引起的玻璃體出血根據病情可行玻璃體腔注藥、眼底鐳射光凝治療或手術治療。
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