胃鏡檢查是準確率比較高的一種檢查方法，一般來講也比較安全。但是胃鏡檢查屬於有創檢查，檢查過程中摩擦咽喉部，如原本有咽喉炎，檢查會誘發一定的不適，所以醫生只有在存在必要性的時候才會推薦做胃鏡。
隨著胃鏡檢查技術的發展與不斷提高，只要操作得當，一般是不會造成太大的傷害，不用過於擔心。只不過在胃鏡檢查過程中，尤其當胃管進入咽喉部時，容易造成噁心、乾嘔、疼痛等症狀，有的患者還會感到特別的難受，越是緊張嘔吐越容易出現黏膜的擦傷。劇烈嘔吐還會造成賁門黏膜的撕裂，甚至出血。這也是胃鏡檢查的缺點，還有就是做活檢的過程中，會導致胃部少量出血。若原有嚴重病變，胃鏡檢查過程中注氣時會導致穿孔。
隨著醫學技術的發展，無痛胃鏡和膠囊內鏡的廣泛運用，不僅檢查更加準確，而且基本沒有痛苦，但是費用較高，所以患者可以結合自身情況選擇與之需求相符的檢查裝置。
雖然胃鏡檢查會造成一定的傷害，但是該檢查還是要檢查，只有配合好醫生，才能換回健康的身體。
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