阿莫西林膠囊是口服廣譜半合成青黴素類抗生素，在妊娠分級中屬於B級，哺乳期藥物危險分級為L1。阿莫西林膠囊的副作用有噁心，嘔吐，腹瀉及偽膜性腸炎等胃腸道反應；皮疹，藥物熱和哮喘等過敏反應；貧血，血小板減少，嗜酸性粒細胞增多，血清氨基轉移酶可輕度增高等血液系統影響；由念珠菌或耐藥菌引起的二重感染；偶見興奮，焦慮，失眠，頭暈以及行為異常等中樞神經系統症狀。
因阿莫西林膠囊是口服廣譜青黴素類抗生素，因此青黴素面板試驗陽性患者禁用。傳染性單核細胞增多症患者應用本品易發生皮疹，應避免使用。療程較長患者應檢查肝腎功能和血常規。有哮喘、枯草熱等過敏性疾病史者慎用，老年人和腎功能嚴重損害時可能需調整劑量。
有文獻報道出現皮疹沒有及時處理導致大皰性面板鬆解型藥疹，另有報道出現遲發性過敏反應，因此服藥期間要注意藥物不良反應，及時干預，隨時就診。
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