小兒免疫力低下，身體抵抗病菌侵襲的能力也比較差，所以很容易感染支原體，從而引起支原體肺炎。患支原體肺炎後需要及時治療，在現階段對於小兒支原體肺炎的治療主要是以藥物為主，並且要做好呼吸道隔離和護理工作。
小兒支原體肺炎的治療要選用能抑制蛋白質合成的抗生素，包括大環內脂類、氯黴素類及四環素類。具體使用的方法要聽從臨床醫生的安排，嚴格遵照醫囑。由於支原體感染有一定的傳染性，因此對患兒或有密切接觸史的小兒，應儘可能做到呼吸道隔離，以防止交叉感染。對病情比較嚴重有缺氧表現的患兒或氣道梗阻現象比較嚴重的患兒還需要給氧治療，防止出現缺氧的現象。並且還要注意護理與飲食，保證患兒充足的睡眠，保持室內空氣清新。要給小兒經常翻身、拍背、變換體位促進氣道分泌物的排出，重症支原體肺炎患兒，有時還需要吸痰和支氣管灌洗治療。
小兒支原體肺炎的治療比普通肺炎治療需要的時間要長一些，因此家長要有足夠的耐心，給小兒吃易消化營養豐富的食物，並且要保證攝入足夠的液體。
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