反覆口腔潰瘍的病因尚不明確，可能是和以下幾種原因有關。
反覆口腔潰瘍是一種常見的口腔粘膜疾病，也稱複發性口腔潰瘍，口腔粘膜內反覆出現的粘膜病損，或者是一個位置反覆出現。常見的原因是免疫力低下導致的。身體內缺乏維生素或者是微量元素，尤其是維生素B和維生素C，缺鐵也會導致粘膜的脆性增大，不小心咬破粘膜容易出現口腔潰瘍。可以平時多吃蔬菜水果，補充維生素，加強體育鍛煉，提高自身的免疫力。
口腔潰瘍也和遺傳因素有關，父母好發口腔潰瘍，子女發生口腔潰瘍的機率比較高。也有的是和精神緊張，或者是胃腸道消化不良有關係。經常便祕或者是疲勞，以及與年齡有關的更年期都和潰瘍反覆發作有關。口腔潰瘍多在通宵不眠或者是大便乾燥以及感冒發燒等免疫力低下時發病。
口腔潰瘍反覆發作也和細菌感染有關，或者是全身疾病在口腔的反應，比如白塞病，或者是和區域性的創傷有關。
所以反覆口腔潰瘍可能是和免疫力低下，維生素及微量元素缺乏以及遺傳因素或者是區域性創傷有關，也可能是全身疾病在口腔的表現。
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