膽總管結石
膽總管結石是膽道梗阻最常見的原因。臨床表現為膽絞痛、梗阻性黃疸、膽管炎或膽源性胰腺炎。ERCP診斷膽總管結石的敏感度及特異度超過95％。目前在專家手中，ERCP乳頭括約肌切開取石成功率大於90％，總的併發症的發生率5％，死亡率小於1％，均優於手術治療。在選擇性膽管插管失敗時，可行預切開術，但其併發症的發生率要高於常規方法。除乳頭括約肌切開外，另外可選擇膽道括約肌氣囊擴張。一些特殊病例，如凝血異常、ERC術後胰腺炎高危人群等，可選擇氣囊擴張。取出結石通常選擇氣囊或網籃，大結石或頓結石，取石較困難，可以選擇機械碎石。取石不成功，應置入膽道支架或鼻膽引流管引流。
良惡性膽道狹窄
ERCP可用於惡性膽道梗阻的診斷和治療，活檢、刷檢和超聲內鏡介導下穿刺均可提供組織學診斷，但總的敏感度不高於62％。ERCP也用於膽道良性梗阻、膽道先天性異常及手術後併發症的診斷治療，包括肝移植後膽系併發症。對於膽管狹窄可行內鏡下擴張及支架引流治療。置入膽道支架可為良惡性膽道梗阻提供有效引流，其中金屬支架暢通時間是塑料支架的2倍，而且成本效益比更好。金屬支架適用於預期生存時間較長、無遠處轉移及塑料支架開通時間短的病人。膽道支架也有助於術後膽道狹窄及膽瘻的治療。
Oddi氏括約肌功能障礙
Oddi氏括約肌功能障礙表現與膽道疾病或胰腺疾病類似。90％以上患者括約肌切開後疼痛消失。一些研究認為括約肌切開有益，但尚未得到公認，應進一步研究;Oddi氏括約肌功能障礙患者ERCP後併發症發生率高，臨床上應謹慎。
慢性胰腺炎
ERCP行胰管造影，對有症狀的胰管結石、胰管狹窄和假性囊腫可行鏡下治療。胰管狹窄通過擴張和支架治療可得到有效的治療，對於慢性阻塞性胰腺炎腹痛患者首選內鏡治療，只有內鏡治療無效或復發的病例可考慮採用手術治療。慢性胰腺炎患者頓的胰管結石可誘發腹痛和急性胰腺炎，因為胰管狹窄，胰管括約肌切開取石較困難，往往需要體外震波碎石後再嘗試內鏡下取石 。
胰瘻
胰管破裂或胰瘻多由急性胰腺炎、慢性胰腺炎、胰腺外傷及手術損傷造成。胰瘻可出現胰源性腹水、假性囊腫形成或二者同時存在。胰管支架已成為胰瘻的常用的治療方法。大部分嚴重的胰管損傷可置入橋樣支架以重建正常的胰管引流。
胰腺囊腫
ERCP可用於診斷治療胰腺液體積聚，包括急性假性囊腫、慢性假性囊腫及胰腺壞死。與胰管相通的液體積聚可經乳頭治療，不通者可經胃或十二指腸引流。EUS可用來穿刺前定位，以避開血管。 與胰管相通的液體積聚包括胰尾部的囊腫，可由經乳頭放置胰管支架。經胃或十二指腸假性囊腫引流，雖然技術要求較高，但技術熟練的醫師成功率仍大於80％。假性囊腫引流的併發症包括胰腺炎、出血、穿孔及感染。
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