自體脂肪填充無明顯危害，但可出現一些異常。以面部脂肪填充為例，將脂肪填充在不同的結構層次中，因面部組織結構複雜，有面部神經、肌肉等重要結構的存在，會給脂肪的取出增加難度。不正確的脂肪填充方法很可能會產生填充過度、不均勻、脂肪移位等問題，難以取出。注射較淺時，可能會在脂肪充填部位摸到小結節，因此需要尋找有經驗的專業醫生進行脂肪注射填充。
另外，脂肪填充最大的問題在於存活率。一般情況下，要想獲得良好的效果，可能需要2-3次的填充，並且在脂肪移植後，要建立新的血運供應系統，使之成活下來。多數情況下，3個月以上，可再次進行同一部位的脂肪移植。
自身脂肪具有取材容易、來源豐富、操作簡便、真實、自然等優點，更重要的是沒有異物排斥反應和不良影響。面部脂肪填充具有部位特異性，必須考慮到各個部位的解剖學特點，嚴格掌握適應症，進行正確填充，才能避免不良後果。
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