吸二手菸並非一定會使胎兒畸形，通常僅可使胎兒畸形的機率增加。
由於香菸中含有尼古丁，若孕婦長期吸二手菸可引起胎盤血管收縮，造成胎兒在子宮內的血液供應減少，導致胎兒窘迫的現象；同時也可對胎兒的發育造成不良後果，如智力低下、發育畸形等。但此類情況並非一定會導致胎兒畸形，若排畸、唐篩檢查顯示正常，則不用擔心。但仍建議孕婦儘量減少出現在二手菸環境中，室內應經常開窗通風，使空氣清新。
此外，孕期婦女可儘量多進食含有葉酸的蔬菜、水果，且早孕期應服用小劑量的葉酸，以此預防胎兒神經管的畸形的發生。
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