益生菌具有改善腸道功能、幫助營養物質消化吸收、維持腸道菌群結構平衡、提高機體免疫力等功效，建議在早上空腹時或者是隨餐一起服用，服用時水溫不宜過高。
當小兒出現腹瀉、消化不良、便祕以及長期使用抗生素導致腸道菌群紊亂時，可以適量使用益生菌；孕婦在孕3個月時，也可以使用益生菌，哺乳期間也可繼續新增，從而使嬰兒從母親那兒得到足夠的益生菌；剖腹產、早產、低體重、免疫力低下以及非母乳餵養的小兒，為了保護腸道菌群，預防食慾不振、大便乾燥等情況，也可以適量補充益生菌，有利於提高小兒免疫力。
需要注意，益生菌不建議長期連續服用，以免形成依賴性、抗藥性。
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