甲狀腺乳頭狀癌的分期和其他癌症略有不同，以患者的年齡55歲為界，有著不同的分期。
如果患者小於55歲，甲狀腺乳狀癌可分為兩期，I期是指患者的腫塊可為任意大小，可能擴散到了周圍組織或淋巴結，但卻沒有出現其他部位的轉移。而II期則是指患者不僅可能擴散到了周圍組織或淋巴結，也出現了其他部位的轉移，如肺、骨等。如果患者年齡大於55歲，則甲狀腺乳狀癌則可分為四期。I期是指患者的腫塊最大徑僅為4cm或更小，且未出現其他部位的侵犯或轉移。II期則提示患者腫塊已經大於4cm，或出現了周圍組織、淋巴結的轉移，或患者腫塊為任意大小，但已從甲狀腺內轉移到了頸部肌肉或周圍淋巴結。III期則是腫瘤已侵犯到了喉、氣管、食管、喉返神經等。IV期又分為IVA期和IVB期，IVA期是指腫瘤擴散至椎前筋膜、或縱隔血管等，IVB期則指身體其他部位已經出現轉移，如肺、骨等。
一般來說，患者分期越低預後越好。因此，建議甲狀腺乳狀癌患者一定要早診早治，有助於提高治癒率，並延長生存期。
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