胸腺瘤為來源於胸腺上皮細胞的腫瘤。與其他腫瘤不同，根據組織學不能確定胸腺瘤的良惡性質，其良惡性需依據有無包膜浸潤、周圍器官侵犯或遠處轉移來判斷。有些學者用“良性胸腺瘤”來形容無侵襲的胸腺瘤。事實上，包括I期在內的任何組織型別的胸腺瘤患者行手術切除後都可發生復發和轉移，所以目前認為所有的胸腺瘤均是潛在惡性的，“良性胸腺瘤”這個術語應棄用。
為避擴音及“惡性”，目前主張將胸腺瘤分為非侵襲性和侵襲性兩種。一般說，30％～40％的胸腺瘤是侵襲性的。傳統的組織學分類是根據瘤體內非瘤性淋巴樣細胞與腫瘤上皮細胞的比例制定的，分為淋巴細胞型、混合細胞型、上皮細胞型，這種分類已沿用多年，但因它不能確定腫瘤的良惡性，更不能判斷預後，而且大多數患者是混合型，所以對臨床的指導意義不大。1985年Muler.Hermelink等提出一種新的分類法：以組織學和免疫表型為依據進行分型，類似於胸腺的皮質區或髓質區，分為髓質型、混合型、皮質為主型及皮質型，這種分類法被廣泛應用。
為了使胸腺瘤的組織學分型能更好地與疾病的侵襲性及預後聯絡起來，1999年WHO制定了一種最新的胸腺上皮腫瘤分類法，它採用Muller-Hermelink 分類法，並根據上皮細胞形態及淋巴細胞與上皮細胞的比例進行分類，將胸腺瘤分為A、B、AB 3型，A型腫瘤由梭形腫瘤上皮細胞構成，不含非典型或腫瘤淋巴細胞;B型腫瘤由圓形上皮樣細胞組成;AB型為二者混合表現，與A型相似，但含腫瘤淋巴細胞。根據上皮細胞成比例地增加和不典型腫瘤細胞的出現，又將B型腫瘤分成3種亞型：B1型、B2型、B3型。所有的胸腺癌為C型。
表 胸腺瘤WHO分類與Muller―Hermelink分類的關係
WHO分類 Muller-ttermelink分類
A型胸腺瘤 髓質型胸腺瘤
AB型胸腺瘤 混合型胸腺瘤
B1型胸腺瘤 皮質為主型胸腺瘤
B2型胸腺瘤 皮質型胸腺瘤
B3型胸腺瘤 分化好的胸腺癌
c型胸腺瘤 惡性胸腺癌
1.5％ 的胸腺瘤為A型，1/3為AB型，10％～20％為B1型，20％～35％為B2型，10％～15％為B3型。迄今已有幾項研究評價了WHO分類系統的意義。Okumura等總結了273例胸腺瘤患者，A、AB、B1、B2、B3各型中侵襲性胸腺瘤的比例分別為11.1％、41.6％、47.3％、69.1％、84.6％，20年生存率分別比較，B2、B3型腫瘤侵襲性較高，患者生存期較短。
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