膽總管結石分為兩種型別，即原發性膽總管結石和繼發性膽總管結石。原發性膽總管結石指原發於肝外膽管的結石，膽囊內不一定存有結石。繼發性膽總管結石是膽囊內結石排入膽總管內，其結石的形狀和性質多與膽囊內結石相同。無論是原發還是繼發膽總管結石所引起的病理變化主要取決於結石所造成的膽管梗阻程度，以及有無繼發性感染的發生。
1、重症膽管炎：這是膽總管結石最嚴重的併發症，其表現為發熱、腹痛、黃疸(俗稱三聯徵)，重者可出現休克，精神症狀(俗稱五聯徵)。此時若未得到及時有效的治療，將危及生命。
2、膽源性胰腺炎：若膽總管結石嵌頓在膽總管下段(壺腹部)或阻塞於十二指腸乳頭部，均可能導致膽汁返流入腺管，繼發急性胰腺炎，該併發症也是十分危重的併發症之一，膽囊內的細小結石是引起這種併發症的主要原因，因此膽囊內的小結石更需積極手術治療。
3、膽道出血：結石反覆損傷膽管壁粘膜引起出血，嚴重者損傷膽管壁周圍相鄰的血管形成假性動脈瘤，與膽管壁相通而發生大出血。
4、膽汁性肝硬化：膽總管結石可引起膽道反覆梗阻和感染，若未及時治療，可造成肝細胞持續性損害，肝細胞變性、壞死，膽管周圍有纖維組織增生，最後形成膽汁性肝硬化。
5、消化道膽瘻：當結石反覆損傷膽管壁，侵蝕穿透膽管壁及相鄰胃腸時，便形成消化道膽瘻，當形成消化道膽瘻後，膽總管結石可能排入腸道，梗阻解除，但胃腸內液及食物易返流進入膽總管，增加膽管炎發作和結石增大的機會。
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