抗病毒治療是慢乙肝治療的關鍵措施，目前抗病毒治療有兩大類藥物一類是干擾素，一類是核苷類藥物。病毒徹底清除且永不復發是醫生和患者的共同心願，但是當前的治療手段還遠遠不能實現這一目標。因此在抗病毒治療前瞭解治療的預期有利於更好地理解和依從治療方案。
綜合國外權威指南的建議與臨床實踐的經驗，可以把乙肝抗病毒治療的療效過程粗略地分為以下三個層次：
第一個層次：肝功能恢復正常，病毒定量陰轉，這是進行抗病毒的基本目標。
病毒定量陰轉，肝功恢復正常提示病毒複製明顯減弱或者停止，肝臟的炎症活動減輕或者消失，疾病進展延緩。干擾素治療與核苷類治療都能實現這一基本目標，且後者在這方面具有優勢。值得注意的是達到這一目標並不意味著馬上停止治療，如果很快停藥，病毒複製容易反彈，因此仍應繼續治療，爭取實現第二個層次的目標。
第二個層次：在肝功持續正常，HBV
DNA持續陰性的基礎上e抗原血清學轉換，且停藥後應答持久。e抗原陽性的慢乙肝在實現第一個目標之後繼續治療，有部分患者可以實現e抗原血清學轉換，即e抗原陰轉、e抗體出現，這體現著機體免疫系統和乙肝病毒之間的力量消長髮生重大轉機，實現了免疫控制，因此在停藥後能持久應答。相對核苷類治療，干擾素治療實現e抗原血清學轉換的機率較高。核苷類長期治療e抗原轉換率不到30％，干擾素治療最多可在超過60％的患者中實現e抗原血清學轉換。同時，核苷類治療實現e抗原血清學轉換後仍有較高的複發率，而干擾素治療停藥後應答持久。
第三個層次：在第二個層次的基礎上實現表面抗原清除。
表面抗原清除是臨床上接近痊癒的狀態。實現這一目標的患者不多，不過隨著抗病毒治療策略的改善，例如干擾素延長治療、聯合核苷類治療，實現表面抗原清除的患者已有所增加。
隨著抗病毒治療的普及，越來越多的慢乙肝患者期望獲得更好的療效，遵循醫囑，依從治療，將會離更好的治療效果更進一步。
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