慢乙肝疾病較為複雜，治療療程較長，瞭解療效判斷指標，對於患者理解自己的病情，配合疾病的治療與保健均較為有益。
下面介紹一些慢乙肝的治療判斷指標與可能的誤區：
慢乙肝是一種較為複雜的疾病，不像高血壓、糖尿病只需要看血壓或血糖一個單一的指標。生化學、病毒學以及血清學指標都是治療療效的評價指標。慢乙肝治療後，通常會出現生化學應答，也即是我們常說的ALT復常，這說明肝臟的炎症活動減輕，肝臟損害減小；接下來可以看到的是病毒學應答，患者的HBV-DNA水平會降低並逐步轉陰，提示藥物治療有效的控制了應病毒的複製；在接下去，一個有效的治療會帶來血清學應答，這可能包括HBeAg清除或轉換，甚至HBsAg清除。
抗病毒治療如果獲得以上所有應答就被稱為完全應答，這是治療應追求的目標。不過，目前比較多見的情況是，大家看重生化學和病毒學應答，不重視血清學應答。事實上，獲得生化學應答與病毒學應答僅僅是慢乙肝治療的最初步驟，治療不能在此踏步不前。
那麼慢乙肝治療最好的治療結果是什麼呢？2012年，權威慢性乙型肝炎指南EASL指南強調理想的治療終點應當是停藥後持久的HBsAg清除，滿足終點是停藥後持久的HBeAg血清學轉換，治療期間的HBV-DNA抑制則只能作為欠滿意的終點。
HBsAg是乙肝病毒表面抗原的簡寫。大量研究發現，HBsAg陽性的患者，肝硬化、肝癌發生率高，同時，也有研究證明，實現了HBsAg清除的患者，肝臟炎症和纖維化程度顯著改善，死亡率降低。而且，HBsAg的清除越早越好，如果HBsAg清除發生於患者45歲以前，患者肝硬化、肝癌以及死亡的發生率幾乎為0，但如果HBsAg清除發生在45歲以後，此時即使HBsAg清除，但仍存在肝硬化、肝癌發生危險。顯然，儘早治療，儘早達到HBsAg清除非常重要。
HBeAg是乙肝病毒結構中的一種蛋白。如果HBeAg陽性的患者經過一段時間發現，HBeAg變為陰性，那通常都表示疾病有所恢復，治療取得了一定的療效。HBeAg清除，就有利於打破機體的免疫耐受，提高機體對乙肝病毒的清除。一旦發生HBeAg血清學轉換，就預示著患者未來發生肝硬化和原發性肝癌的風險大大減少，同時HBeAg血清學轉換也是HBsAg清除的前提和基礎。
簡而言之，獲得HBeAg血清學轉換與HBsAg清除才能真正實現疾病的長期緩解，降低肝硬化、肝癌的風險，獲得安全停藥的機會；而單純治療期間的HBV-DNA抑制，不能作為停藥指標，還需長期治療。在治療中，以最理想的治療結果為目標，定期檢測，積極觀察各項指標的變化，有助及時掌握病情變化，瞭解治療效果，理解、配合醫生對治療方案的調整。
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