真菌性角膜潰瘍的診斷比較困難，一般應從下列三方面著手。
1、病史:有以下情況之一者，應進一步作病原體檢查。
a、農村患者，起病前有稻穀等農業外傷史,或角膜炎史，或挑除異物史。
b、較長時間滴用或球結膜下注射多種抗生素而潰瘍未能控制者。
2、症狀及體徵
a、常伴有前方積膿的白色、黃白色或灰白色潰瘍，其發展程度與病程對比，相對為慢性者。
b、眼部刺激症狀與潰瘍大小對比，相對為輕微者。
3、病原：
a、潰瘍壞死組織進行刮片檢查，可找到真菌菌絲；將刮片接種於真菌培養基上，可有真菌生 長。
b、細胞培養一般陰性，或僅有雜菌生長。一般說來，真菌性潰瘍面的壞死組織呈“苔垢”樣，質地疏鬆，缺少粘性；而細菌性潰瘍面的壞死組織呈“膠凍”樣，富於粘性。
治療:治療必須從速。潰瘍階段，真菌高度生長繁殖，應首選對真菌敏感的藥物。由於真菌常 潛伏於角膜組織內，十分頑固，要求藥物與潰瘍面保持連續性的接觸，使藥物在深部組織達到足夠濃度,才能消滅或抑制真菌的活動。到目前為止，用來治療真菌性角膜潰瘍的藥物尚不夠理想。對於藥物治療無效的病例，尚須進行角膜移植手術。
病因：
多半病例起病時有誘因史。發病大多與農業勞動時受植物性小葉傷有密切關係。植物枝葉擦傷及塵土等異物入眼，亦可見於長期患者其它性質的角膜炎時繼發感染真菌者。國外有人認為與眼部濫用抗生素或皮質類固醇有關。角膜外傷造成上皮破損。致傷物如稻穀、植物枝葉或塵土等處常有真菌存在。當角膜上皮破損的同時，真菌即可接種於角膜，引起發病。潛伏期通常為1～4天，平均為2.4天。
臨床表現：
a.開始時僅有眼部劃物敏感或刺激感，伴有視力模糊。有外傷史者，在受傷後數天內出現潰瘍，發展較緩，和外傷後迅速發展的綠膿桿菌性角膜潰瘍有所不同。
b.早期眼瞼紅腫及畏光流淚等刺激症狀輕重不等，嚴重階段刺激症狀大多反見較輕。充血常很嚴重，主要為混合性，部分病例可有少量灰白色分泌物。
c.由於真菌菌株的不同，感染時間的久暫以及個體情況的差異，臨床上所見到的潰瘍形態很不一致。典型的早期潰瘍呈灰白或乳白色，常為不規則形。表面粗糙，緻密，略高出平面。
潰瘍和浸潤的密度分佈不均勻，潰瘍與健區角膜分界大多清楚，潰瘍邊緣常不整齊。
d. 較大的潰瘍常為黃白色，多數為不規則圓形，表面似乾燥粗略，呈“苔垢”樣。基質浸潤緻密，潰瘍邊緣稍有隆起。病變如發展，潰瘍周圍可見結節狀或樹根樣基質浸潤。
真菌性角膜炎常用名稱描述：
1、菌絲苔被：是附著在潰瘍表面的菌絲和壞死組織。色白不透明，微隆起，與健區角膜分界清楚。可刮除，刮除後的潰瘍面較透明。
2、菌絲灶：是真菌菌絲長入角膜基質的病灶。表面微隆起乾燥粗糙。混濁區的浸潤密度濃淡不一致。質地較硬，用刀刮時，刀尖上附著的刮物很疏鬆。刮過後的潰瘍仍混濁不透明。
3、菌絲灶邊緣：有些潰瘍邊緣毛糙不齊。有時伸出樹根浸潤，稱為“偽足”；或在潰瘍周圍出現孤立的結節狀圓形浸潤點，稱為“衛星灶”。
4、反應環：在菌絲灶的周圍有一圈炎性細菌浸潤，一般不太寬，約1～2毫米，是機體對菌絲的防衛反應。有人稱做“免疫環”。
5、分界溝：位於菌絲灶和反應環中間。此處炎症細胞浸潤最多，是淺層組織壞死，輕度低陷而成的淺溝。
真菌性角膜潰瘍的裂隙燈檢查：
1、潰瘍的發展由淺層到深層。早期潰瘍為淺表性，角膜厚度幾乎無甚改變。潰瘍底部為濃密的質浸潤，可達角膜全層的0.2、0.4、0.6不等。基質水腫雖輕，但常為全層性。正對菌絲灶後的內皮，常有水腫粗糙及增厚，同時伴有皺褶，有人稱做“內皮斑塊”。有時整個角膜出現瀰漫性霧狀水腫，提示潰瘍在發展.
2、潰瘍的發展過程，常先在周圍或底部出現浸潤，繼而形成膿瘍，膿瘍壞死而成潰瘍，潰瘍面壞死組織不斷融解脫落，使角膜逐漸變薄，最後導致穿孔。
3、穿孔一般較緩慢，位置、大小及形態不定。穿孔處經常微隆起，每有虹膜顯露，中央穿孔時角膜略呈圓錐形。穿孔發生率約10％左右
4、有時壞死組織雖未脫落，角膜即已出現“漏水”現象，以至前房在不知不覺中消失。又有時在壞死的角膜組織中，顯露少許虹膜組織，亦是潰瘍穿孔的另一種E象。
5、潰瘍一旦穿孔，炎症漸見減輕，但較在面積的穿孔，前房多數很難再度形成。潰瘍壞死組織不斷脫落，可使透明的後彈力層完全暴露，虹膜清晰可見，由於抵擋不住正常的眼內壓，進而發展成角膜區域性或全部葡萄腫。
6、當潰瘍趨向癒合時，眼痛減輕，刺激症狀改善，粘性分泌物消失，潰瘍色澤由黃白轉變為灰白色，潰瘍表面清潔，周圍上皮向內生長，熒光素著色範圍縮小。前房積膿和丁道爾現象以及角膜後沉著物減少。潰瘍癒合後，角膜基質仍有浸潤及水腫，常需歷時數月才能吸收。
7、潰瘍癒合過程中可有新生血管伸入。細長單枝者少見，密集粗短的每見於菌絲灶周圍，頗似角膜變小，角膜緣內移。
8、嚴重的虹膜睫狀炎反應，是真菌性角膜潰瘍特徵之一。約50％病例可有前房積膿，自1毫米或2～3毫米，少數病例積膿可達前房一半以上，甚至充滿整個前房。積肥膿呈乳白或淡黃色，前者為潰瘍早期現象，而後者常代表炎症發展至嚴重階段。膿液粘稠，不易移動。
潰瘍、膿瘍以及前房積膿三者時在形態上融為一體，易於混淆，需裂隙燈切面檢查，才能區別。
9、角膜後沉澱物有兩種型別，一種是棕灰色的粉末狀或細顆粒狀，每見於潰瘍早期，面積較小的病例，前房大多無膿或少量積膿。另一類是淡黃色漿糊樣片狀，或者是灰白色斑塊狀，附著於粗糙的角膜內皮面上，通常伴有前房積膿。前房積膿如果未能吸收，最後在前房角、虹膜、晶體表面形成機化膜。
治療:
a、本病常伴有嚴重的虹膜炎反應，必須用阿托品充分擴大瞳孔。皮質激素類藥物對潰瘍有擴散作用，無論區域性與全身皆不宜使用。
b、潰瘍穿孔或後彈力層膨出病例，結膜囊置入金褐毒素眼膏或二性黴素B眼膏後，應用繃帶加壓包紮，以促進潰瘍癒合。
c、藥物治療失敗的病例，可進行結膜瓣遮蓋術或穿透角膜移植術。在角膜穿透性移植時，潰瘍及其臨近的不健康組織必須全部清除，如果留有感染的角膜，反而可使炎症加速擴充套件。
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