由於肛門面板神經豐富，感覺敏銳，受刺激後易發生疼痛或劇痛，給患者帶來較大痛苦。引起肛門疼痛的原因很多，可歸納為下列幾個方面：
1、炎症性病變。多見，包括肛門周圍炎及肛周膿瘍。初期為灼痛，化膿時可有跳痛如雞啄，常伴有區域性面板紅腫現象。
2、肛裂，肛管面板潰瘍。往往為排便時及排便 後肛門持續 的劇烈疼痛，可伴有少量鮮血。
3、外痔血栓形成。疼痛多在肛門一側或兩側，疼痛突發，劇痛如錐，行走、坐蹲更甚，伴有肛門腫物與結節。
4、腫瘤。由於腫瘤的浸潤、壓迫及放射治療後綜合徵等均可產生疼痛，為墜痛或抽掣狀痛，伴有腫瘤結節。
5、內痔脫垂或直腸脫垂髮生嵌頓。此時由於組織水腫，影響貘周迴圈，產生疼痛甚至組織壞死等。
6、病毒感染引起的肛周單純皰疹以及肛門直腸部位的性病。包括梅毒、肛門直腸淋病等。
當然肛門部位的各類創傷，包括肛門會陰部手術後均可引起疼痛。另外還有少數原因不明的疼痛。
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