乙肝發病後治療關鍵在於儘早科學治療，半年內沒能有效康復將轉變為慢性乙肝。乙肝病毒極具變異性，同時由於乙型肝炎病毒抗藥性的產生和傳統治療技術的缺陷，保守治療幾近“失效”，病毒毒性和危害性逐漸增強，成為新階段乙肝病毒的特點和臨床治療的難點。
免疫耐受，病毒複製
由於在感染乙型肝炎病毒後，機體的免疫機制產生一定程度的免疫耐受，即免疫機能相對減弱。使得機體免疫力下降，導致早期乙肝病毒迅速、大量的複製和蔓延，且此時一般很難通過症狀發現，成為乙肝危害的重要因素。
變異耐受，無特效藥
因為乙型肝炎病毒特有的變異和易耐受的特性外，臨床不得當、不科學的治療方法增加了病毒變異速度和耐藥性產生的程度。使得傳統治療，以及抗病毒藥物等治療效果減弱，甚至失去其相應的治療作用。當前也缺少單一，而且有效的特效藥物。
病毒變異，誤診誤治
病毒變異後不能分析HBV的C、P、S、X四個區點具體哪個產生變異，以及變異毒株的型別和特點，因此無法正確的指導臨床治療，導致對病情的診斷和治療的方案產生錯誤的結果。比如S區點基因突變，HBsAg是陰性仍應堅持治療；X區基因變異與肝癌發生密切相關，應高度重視和防治。這也是當前治療的難題之一。
治療效果，盲目臆斷
傳統的治療檢測體系（PCR，HBV DNA，ELISA）已經不能有效的分析不斷變異的HBV的體內複雜的複製情況，以及發展的狀態。更不能監控治療的效果是否有效正確，更不可能實現適時的測控效果，所以限制和影響了診療的動態觀察與校正。
其它主觀性誤區
如延誤病機、失去治療佳機，認識誤區、轉陰就是康復。用藥誤區、傳統治療不當，治療誤區、乙肝都需治療等加劇了乙肝的危害，增加了對肝細胞的損傷，增加了治療的難度。
在這種情況下傳統治療技術不但沒有理想的效果，而且治療中容易進一步損傷肝細胞，導致病毒的不斷複製和變異、毒性和危害性不斷增強。只有通過醫學前沿的生物技術等現代化高科技手段才能有效遏制和清楚乙肝病毒、有效控制乙肝的發展，從根本上促進肝臟的康復。
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