一、前列腺癌直腸指診前列腺質地堅硬如石、表面凸凹不平，可觸及結節。血清前列腺特異性抗原(PSA)明顯升高，鑑別需行活組織或針吸細胞學檢查。
二、前列腺炎急性前列腺炎可發生排尿困難或急性尿瀦留。但患者發病突然，有寒戰和高熱、尿頻、尿急、尿痛。直腸指診前列腺腫脹、壓痛、區域性溫度升高、表面光滑，形成膿腫則有飽滿或波動感，故可與前列腺增生症相鑑別。
慢性前列腺炎直腸指診前列腺飽滿增大，質軟，輕度壓痛，病程長者前列腺縮小變硬，有小結節。前列腺液檢查：白細胞>10個/每高倍鏡視野，卵磷脂小體減少，二者相鑑別並不難。
三、膀胱頸攣縮由於慢性炎症所引起，發病年齡較輕，40～50歲出現病狀。臨床表現與前列腺增生症相似，但前列腺不大，膀胱鏡檢查可見內括約肌呈環行狹窄，把尿道與膀胱明顯分開，膀胱頸後脣抬高成堤壩狀，膀胱頸呈蒼白或有玫瑰色，其表面通常光滑，缺乏血管分佈，故二者易於鑑別。
四、尿道狹窄多有外傷史或感染史，行尿道造影即可明確診斷。
五、膀胱癌膀胱頸附近的膀胱癌臨床上亦可引起膀胱出口梗阻，導致排尿困難等症狀，並常有血尿，膀胱鏡檢查容易鑑別。
六、神經性膀胱功能障礙臨床所見與前列腺增生症相似，有排尿困難和尿瀦留，也可繼發泌尿系感染、結石、腎積水和腎功能不全。但神經性膀胱功能障礙常有明顯的神經系統損害的病史和體徵，往往同時存在下肢感覺和運動障礙，有時伴有肛管括約肌鬆馳和反射消失。
近年來重視逼尿肌和尿道括約肌失調及不穩定膀胱逼尿肌引起的排尿困難。應用尿流動力學檢查可明確鑑別。
七、糖尿病周圍神經病變可導致排尿困難、尿瀦留、淋漓不盡等症狀。可根據患者糖尿病病史、病程、周圍神經病理反射檢查、應用尿流動力學檢查可明確鑑別。
八、膀胱逼尿肌病變可配合尿流動力學檢查與前列腺增生症相鑑別。
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