尿道口異位
尿道下裂的症狀有尿道開口不位於正常的位置，及遠端龜頭的中央，而是在陰莖腹側、正常尿道口近端至會陰部的途徑上。尿道開口越靠近陰囊或會陰部位，表示尿道下裂的程度也越嚴重。
陰莖下彎
陰莖向腹側彎曲。尿道下裂伴有明顯陰莖下彎的只佔35％，而且多為輕度下彎。按陰莖頭與陰莖體縱軸之間的夾角將陰莖下彎分為輕度(35°)。後兩者在成年後性交困難。導致陰莖下彎的主要原因為尿道板纖維組織增生、陰莖體尿道腹側皮下組織各層缺乏、陰莖海綿體背腹兩側不對稱。
包皮異常分佈
陰莖頭腹側包皮未能在中線融合，故呈V形缺損，包皮繫帶缺如、全部包皮轉移至陰莖頭背側呈帽狀堆積。
其他相關異常
其他相關異常包括隱睪(7％～9％)、腹股溝疝(約12％)和鞘膜積液(9％～16％)。前段，中段和後段尿道下裂患者中腹股溝疝的發病機率相似，但隱睪多見於後段型尿道下裂病人。同時患有尿道下裂和隱睪的男嬰，及時外生殖器明顯也應引起警惕，需要評估兩性畸形的可能。
前列腺囊發生於重度尿道下裂，可能是副中腎管退化不全或尿生殖竇男性化不全的遺蹟。一些病人可合併陰囊轉位、陰莖扭轉、小陰莖及重複尿道，極少數病人合併肛門直腸畸形。
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