1、忽視用藥存在個體差異。對大多數病人而言，每日服用一次質子泵抑制劑(一種強抑酸藥)就可以有效控制食管酸反流。但有些病人存在“晚間酸突破”(指發生在午夜至凌晨6時之間的燒心、胸痛、噯酸症狀)。
對這些病人來講，如此用藥就不能解決問題。質子泵抑制劑在這些病人體內可能代謝比一般人來得快，這時，就需要在傍晚加用一次質子泵抑制劑或睡前加用H2受體抑制劑。
2、忽視有效保護受損食管黏膜。已經受損的食管黏膜需要修復和保護。硫糖鋁或碳酸鋁鎂製劑可以有效保護食管黏膜，但要注意使用方法。服這類藥時不能大量用水沖服，而應讓其以凝膠狀，藉助自身重力和食管蠕動，均勻地分佈到食管黏膜上。此外，在治療食管炎時，這類藥宜在餐後半小時服用，會更有利於藥物在食管內停留，起保護和修復作用。這與藥物說明書上的常規用法有所不同。
3、忽視使用促胃動力藥。有些病人認為，只要強力制止胃酸分泌就可以減輕酸反流，消除食管炎症，因此只要使用強力抑酸藥就可以了。其實，酸反流並非全由胃酸引起，胃液裡的其他成分包括從十二指腸反流到胃液裡的膽汁也是引起食管炎的原因。促胃動力藥在維護食管下端高壓帶壓力方面的作用非常重要。雖然促胃動力藥初服時有些病人會有輕度腹痛、腹瀉，但大多數病人都能耐受。繼續用藥或調整劑量就會消失。
4、忽視在適當時機根治幽門螺桿菌。不少反流性食管炎病人，在知道自己同時有幽門螺桿菌感染時，都強烈要求醫生立即剿滅它。殊不知，幽門螺桿菌產生的銨，有中和胃底食管連線處區域性酸環境的作用，可能減輕酸對食管的腐蝕。而立即根治幽門螺桿菌，反而可能會加重酸反流。所以，應選擇在食管炎基本控制後的適當時機殺滅幽門螺桿菌。
5、忽視全身疾病的影響。胃腸運動受很多因素影響，如糖尿病、硬皮病都會減緩食管和胃的清空，加重酸反流;膈疝的存在使食管下高壓帶消失，即使使用了促胃動力藥，也難以恢復。這時，如果不針對這些原發疾病進行有效的治療，反流性食管炎是很難治癒的。
6、忽視生活習慣的影響。有些病人在治療期間照樣抽菸、喝酒，大量食醋或喝濃茶、咖啡。還有的病人晚飯過飽，還要吃夜宵。有的病人喜歡睡前喝牛奶。有的病人睡覺時未將床頭抬高30度，這些都給酸反流造成了可乘之機。
總之，反流性食管炎治療不理想的原因眾多，病人應細心具體分析，針對性治療。
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