骨齡可有效地反映人體的成熟程度，它相對於實際年齡的提前或落後能決定兒童的生長型別，對成年身高、女孩月經初潮等有重要影響，因此骨齡評價在臨床醫學中有廣泛的用途，是許多影響兒童生長髮育疾病的診斷、鑑別診斷及療效觀察的重要輔助手段。在兒科臨床主要應用在以下幾個方面：
(1) 甲狀腺功能異常
甲狀腺激素是骨骼生長成熟所不可缺少的，甲狀腺功能低減將延遲骨的發育，長骨骨骺發育不全，肢體過短而成為侏儒。所以，甲狀腺功能低下的兒童的骨齡低於實際年齡。在以甲狀腺激素治療的過程中骨齡發育加速，呈現追趕性生長現象。甲狀腺激素劑量過大，可出現和甲狀腺功能亢進相似的影響，引起骨發育一定程度的提前，即骨齡大於實際年齡。
(2) 生長激素缺乏症
生長激素通過類胰島素樣生長因子促進骨骼的生長，因此生長激素缺乏的兒童骨齡異常延遲，一般延遲兩年以上，身材異常矮小。用生長激素治療，身高出現加速生長，且身高加速超過骨齡的增長，因此效果良好不會影響患兒生長潛力的發揮，然而有些藥物如某些性激素或含有性激素的營養品，雖然當時也能促進孩子身高增長，但同時加速骨齡增長，促使骨骺提前閉合，最後就會使孩子的最終身高減低，所以使用這些藥物時必須要在醫生指導下使用。
(3) 性早熟和性幼稚症
病理性和體質性性早熟兒童骨齡均提前。因骨骺提前癒合，因此成年後身材較矮。性幼稚患兒青春期明顯推遲，由於性腺功能低下，引起骨齡延遲。在對這些疾病的治療中，骨齡和成年身高的預測是重要的監測方法。骨成熟度和身高增長速度儘可能保持接近正常水平，是治療過程最好的監測指標。
(4) 全身性疾病
兒童全身性疾病很可能造成骨發育的延遲，如營養吸收障礙的消化道疾病、代謝性疾病和腎臟疾病等。營養不良兒童骨發育延遲，而且手腕部骨骺異常率明顯增高。因此如果手部X線片上發現骨骺異常時，應當檢查兒童有無內源性或外源性生長障礙。
(5) 正常變異
對身高低於正常標準第3個百分位或高於第97百分位的非病理性矮小或高大的兒童，骨齡是決定是否治療及評價治療效果的主要指標之一。在判斷青春期發育型別及成熟度方面骨齡檢查也是一項重要的手段，通過骨齡測定判斷青春期生長開始加速的年齡、預測成年身高及女孩初潮年齡等，幫助解釋由於青春期個體生長變異帶來的煩惱和疑慮。
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