在利用甲胎蛋白診斷肝癌時，應注意排除肝癌以外的情況引起的甲胎蛋白的升高。這些情況包括：
1、肝炎和肝硬化部分的肝炎和肝硬化的活動期都有肝細胞的損害及肝細胞的再生。肝細胞的再生過程中，會產生一定量的甲胎蛋白，但是，一般不會超過每升血400微克。而且，隨著肝細胞損害、再生的停止，肝功能的恢復，谷丙轉氨酶恢復正常，甲胎蛋白也會恢復正常，因此可以動態觀察甲胎蛋白和谷丙轉氨酶變化，如二者同步升高，則提示甲胎蛋白升高由肝炎引起，如甲胎蛋白持續升高而谷丙轉氨酶正常則提示肝癌。
2、胚胎源性的腫瘤睪丸和卵巢的胚胎源性腫瘤中含有卵黃囊的成分，在胚胎時期卵黃囊細胞也是產生甲胎蛋白的來源，所以，胚胎源性的腫瘤也會產生一定量的甲胎蛋白。通過仔細檢查這些器官，可排除這些器官引起的甲胎蛋白升高。
3、其他癌症 少數胃腸道的惡性腫瘤會產生低濃度的甲胎蛋白。尤其是胃癌，據報道胃癌病例中有15％的甲胎蛋白會升高，但多數不會超過每升血400微克，檢查大便隱血，胃腸道X線或內窺鏡可排除胃腸道的惡性腫瘤引起的甲胎蛋白升高。
其他如妊娠、新生兒也有甲胎蛋白陽性。
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