如果經過超聲或CT發現了肝癌有腫瘤，必須鑑別這個腫瘤是在肝臟發生的，還是由別處的惡性腫瘤轉移而來。因為這兩種型別的肝癌的治療方法和治療效果顯著不同。
由肝細胞或肝內細小膽管上皮細胞惡變而發生的肝癌叫做原發性肝癌。如果由其他器官的惡性腫瘤通過血液或淋巴管轉移到肝臟，這種肝癌就叫繼發性肝癌。
原發性肝癌絕大多數有肝炎和或肝硬化的基礎，常可檢查到乙型肝炎或丙型肝炎病毒感染的標誌物，並且多數病人的血清中可以檢查出有甲胎蛋白。而繼發性肝癌多數無肝病的背景，常有胃腸道、肺、乳腺癌的手術史或在這些器官檢查到原發癌。
原發性肝癌如沒有發生肝內或遠處轉移，手術治療的效果較好。而繼發性肝癌由於已經由原發器官轉移到肝臟，手術治療很難達到根治，因此多采用化學栓塞治療等非手術的治療方法。
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