如果進行充分的藥物治療後，角膜炎仍然得不到控制，在細菌毒素和機體免疫等因素的複雜作用下，角膜基質組織不斷壞死脫落，潰瘍繼續向深部發展，進一步則會發生角膜潰瘍部位的穿孔。如果不進行治療性的角膜移植手術，炎症會迅速向眼內擴充套件，最後導致全眼球炎而喪失眼球。如果在病變尚未侵及全層角膜時選擇板層角膜移植術，則可切除病變組織，還可減少術後免疫排斥反應。如果此時病變已累及全層角膜，則行穿透性角膜移植手術，徹底切除病變組織，控制炎症，以免發生角膜穿孔，而挽救眼球。
但是，由於此時的角膜移植手術是在眼球處於一種極度充血的炎症狀態下進行的，所以術後炎症有復發的可能;並且，炎症充血會增大角膜移植手術的免疫排斥反應發生的機率。故術後應嚴格遵照醫囑用藥，及時複診。
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