肝功能檢查是臨床和查體最常用的一項生化檢查，常常由不同的專案組成。但是肝臟的功能是非常複雜的，其主要功能包括合成、代謝、消化、解毒等等，在臨床上也有不同的指標來反映，比如肝功能檢查中的白蛋白就是反映了肝臟的合成功能。
肝功能中，多數的指標是各種酶，尤其比較常用的是谷丙轉氨酶，這種酶主要主要存在於肝細胞漿中，在正常情況下很少進入血迴圈，但是當肝細胞發生炎症，細胞膜通透性增加，這種酶就會由細胞內向細胞外移動，造成血中濃度增加，因此，谷丙轉氨酶升高一般意味著肝臟炎症。其它的酶也和肝臟炎症或者肝內膽管的梗阻相關。
這些指標升高所代表的臨床意義往往是不同的，當肝臟疾病較輕時，可能僅有1-2項指標異常，這時一般沒有什麼特異性的症狀，可能僅有一點乏力，感覺比以前容易勞累;當肝臟疾病進一步進展，會出現更多指標異常，此時患者也會出現噁心，厭油膩，黃疸等症狀。在肝臟炎症判斷方面，肝功能檢查確能敏感的反應肝臟蛛絲馬跡變化，因此成為體檢中最常用的指標。
多數的肝功能指標是反映了肝臟炎症指標，真正的肝臟合成功能只有白蛋白水平，但這個指標還會受到患者營養狀態等因素影響。
因此普通肝功能檢查不能完全滿足臨床醫生需要，還需要一些檢查來綜合瞭解肝臟功能，比如凝血酶原時間，這是反應人出血後凝血快慢的一個指標，由於大多數的凝血因子在肝臟合成，當肝臟功能受損時，身體的凝血因子產生不足就會造成出血，因為一些凝血因子的半衰期遠遠短於白蛋白;
所以，當肝功能受損時，這個看似和肝臟沒有關係的指標會首先出現異常，從而幫助醫生更加準確的判斷患者肝功能受損的嚴重程度。
血氨是反應肝臟代謝功能的指標，因為來自腸道細菌分解的食物和尿素產生的氨經過靜脈吸收，首先通過肝臟進行解毒為對人體毒性較小的尿素，當肝臟功能受損，機體無法將氨代謝完全，就會導致血氨升高，從而會造成患者發生意識障礙，煩躁，昏迷，即臨床所見的肝性腦病。還有一些實驗也能檢測肝臟代謝功能，比如吲哚菁綠排洩實驗等，可以比較客觀的反應肝臟代謝功能。
以上所有的檢查均能夠反映近期的肝臟受損情況，對於一個慢性肝病患者，醫生可能會更關心患者經過長期的肝病，是否有嚴重肝纖維化，肝硬化以及肝細胞癌可能，這些檢查主要包括無創肝纖維化檢查，如Fibroscan的檢測，腹部肝臟彩超檢查，胃鏡，CT和核磁共振成像檢查，有時甚至需要肝穿病理檢查。
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