泌尿生殖器及肛門部位面板粘膜感染了單純皰疹病毒以後，一般經過2-20天(平均6天)的潛伏期，於男性包皮、冠狀溝、龜頭、陰莖體等部位;女性於大陰脣、小陰脣、會陰、肛周、陰道等部位出現紅斑和丘皰疹，很快發展為成群的或散在的小水泡，2-4天后皰破形成糜爛面或潰瘍，自覺疼痛、瘙癢、燒灼感。病程持續2-3周。長伴發熱、頭痛、肌痛、全身不適或乏力等全身症狀。可有尿道炎、膀胱炎或宮頸炎等表現。腹股溝(即大腿根處)淋巴結可腫大，有壓痛。
如果以往有過口脣或顏面皰疹的病史，又再次感染單純皰疹病毒-2型時，與上述症狀相比，自覺症狀較輕，皮疹範圍也較小，病程較短，全身症狀少見，大腿根部淋巴結多不腫大。
複發性生殖器皰疹多出現在原發感染後的1-4月。復發頻率每個人都不一樣，從每年3-4次到10餘次不等。復發前數小時至數天會有區域性瘙癢、燒灼感、刺痛、隱痛、麻木感和會陰墜脹感等。皮損數目少，為群集的小水泡，很快破潰形成糜爛或潰瘍，分佈不對稱，區域性有輕微的瘙癢、疼痛、燒灼感。皮疹一般在一週內癒合。
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