骨肉瘤多發生於骨骼生長髮育旺盛的青少年時期，惡性程度大，治療複雜。一旦確診為骨肉瘤，除手術治療外，化療是十分關鍵的。但由於大多數醫院沒有骨腫瘤專科醫生和相應的護理隊伍，不能施行正規而合理的化療，因此使許多患者失去了很好的化療機會。正確的化療方法應是在一旦確診後立即進行1-2個療程的大劑量化療，化療完成1周後手術，術後將腫瘤組織病理檢查確定腫瘤的壞死率，根據腫瘤的壞死率確定術前化療是否有效，然後於術後兩週拆線後再堅持3-4個療程的化療方能取得滿意的效果。目前常用的化療藥是甲氨喋呤、阿黴素、順鉑、異環磷醯胺。
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