泌尿繫結石常用的治療方法包括排石、溶石、腔內取石術(膀胱鏡，輸尿管鏡，腎鏡)、體外衝擊波碎石術(ESWL)、腹腔鏡取石術以及開放手術等。這些治療方法都可供臨床選擇使用，但是，對於具體的患者來說，應該根據結石的具體位置，選擇損傷相對更小、併發症發生率更低的治療方式。
近20多年，腔內泌尿外科和ESWL發展迅速，已經能夠治療大多數結石。有些結石治療中心，基本已經取消單純針對結石的開放手術。目前開放性手術僅適用於一些特殊病例，如需要同時進行解剖重建的結石患者。腹腔鏡取石手術在減輕手術損傷程度方面具有一定的優勢，但也僅適用於需要開放手術的患者。
ESWL具有創傷小，併發症少、無需麻醉等優點，是治療直徑小於20毫米或表面積小於300平方毫米的腎結石的標準方法。對於結石體積較大的結石，ESWL雖然也能夠成功碎石但是需要反覆多次的的治療，治療後容易發生結石碎片的殘留或形成“石街”，因此要慎重選用。
經皮腎鏡(PNL)能夠更快更有效地碎石和取石，因此對於比較大的腎臟結石和輸尿管上段結石，如果技術和裝置條件具備，一般選擇PNL治療。用ESWL和輸尿管鏡取石治療輸尿管結石哪種方法更好一直存在爭論。
儘管相對於輸尿管鏡而言，ESWL再次治療的可能性較大，但無需麻醉，即使加上各種輔助治療措施，ESWL仍然是創傷最小的治療方法，因此輸尿管結石的治療應該首選ESWL。選擇何種治療方法最合適，取決於泌尿外科醫生的經驗、所擁有的裝置及治療環境。
經皮穿刺行灌注溶石治療可以清除結石的殘留碎片，降低結石復發的危險性。胱氨酸結石可以用溶石的方法作為輔助治療手段。而尿酸結石，口服溶石效果良好，口服藥物溶石是首選的治療措施。碎石後再行溶石治療可以提高溶石的速度，適用於較大的尿酸結石患者。但需要注意溶石治療對於純結石效果比較好，而對於混合結石效果比較差。
一、體外衝擊波碎石術
適應症
1、腎結石
單個結石小於20毫米;
結石20-30毫米，碎石前可留置雙J管;
鑄型或多髮結石，一般選擇綜合治療，先行PNL治療，殘餘結石再行ESWL;
下盞結石、馬蹄腎、異位腎和移植腎結石等腎臟集合系統形態不利於排石的患者，碎石後可以選擇體位排石，或選擇其他方法治療;
難碎結石(胱氨酸、一水草酸鈣結石)如果試行碎石2-3次，結石無變化或變化很小，應該換用其他方法治療;
孤立腎結石大於15毫米，術前放置雙J管。
2、輸尿管結石應該先選擇ESWL，如果合併感染、腎功能損害嚴重者需要急診處理，可以考慮先用其他方法治療。
3、膀胱尿道結石一般不使用ESWL，特殊情況下需要泌尿外科醫生視具體情況處理。
二、輸尿管鏡取石術
適應症
1、中下段輸尿管結石保守治療無效。
2、上段輸尿管結石ESWL無效或停留時間比較長，可能有輸尿管水腫結石嵌頓。儘量原位碎石取石，必要時將結石用灌注液衝回腎盂，留置輸尿管支架管再行ESWL或PCN。
3、腎結石輸尿管鏡治療腎結石以輸尿管軟鏡為主，輸尿管軟鏡配合鈥鐳射可以治療腎結石(小於20毫米)和腎盞憩室結石。
三、經皮腎鏡取石術
適應症
1、所有不能排出的的腎結石都是PNL的適應症。由於體外衝擊波碎石的廣泛應用，目前PNL主要用於ESWL不適合應用或療效不好的結石;
2、鑄型結石或多發性結石，可以先行PNL，殘餘結石再行ESWL;
3、開放手術取石術後殘餘結石，手術中可以留置腎造瘻管，術後經造瘻進行去世碎石術;
4、孤立腎、蹄鐵形腎和移植腎結石，有經驗的操作者可以行PNL;
5、有症狀的腎盞憩室內結石、基質結石和胱氨酸結石;
6、第4腰椎水平以上的輸尿管結石，梗阻時間長合併腎積水，ESWL和輸尿管鏡手術不成功，可以考慮行PNL;
7、腎結石合併腎盂輸尿管連線部狹窄，可以碎石取石與腎盂連線部切開同時進行。
四、開放手術
適應症
1、應用ESWL、輸尿管鏡取石術和PNL進行治療存在困難，例如無相應的器械、經濟原因。
2、ESWL、PNL和輸尿管鏡取石術失敗，或上述治療方式出現併發症需開放手術處理。
3、存在同時需要開放手術處理的疾病，例如腎內集合系統解剖異常、漏斗部狹窄、腎盂輸尿管連線部梗阻或狹窄、腎臟下垂伴旋轉不良等。
4、伴行其他外科手術;腎下極無功能或腎萎縮，需要腎部分或全切;移植腎結石或異位腎結石。
5、巨大的膀胱結石，兒童的巨大腎結石。
五、溶石療法
溶石治療是通過化學的方法溶解結石或結石碎片，以達到完全清除結石的目的，是一種有效的輔助治療方式，常作為體外衝擊波碎石、經皮腎鏡取石、輸尿管鏡碎石及開放手術取石後的輔助治療，被擊碎成小塊的結石由於結石表面積增加溶石效果比大塊結石好。
目前可以化學溶解的結石包括尿酸結石、胱氨酸結石和感染結石，而對於草酸鈣結石和磷酸鈣結石，藥物溶石還處於探索階段。
常用的溶石方法包括口服藥物溶石、靜脈輸液溶石和區域性藥物灌注溶石。
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