1、腦積水：梗阻性腦積水、交通性腦積水及正常壓力腦積水等。腦脊液分流術特別是腦室腹腔分流，術後併發症多，尤其是嬰幼兒和兒童的腦積水，隨著患兒長大，還需再次手術更換分流管（術後10年累計併發症可高達85％）。採用神經內鏡手術併發症明顯減少，創傷小，療效好，不需放置和更換分流管。對於腫瘤等所致的梗阻性腦積水，在處理積水的同時，可以同時對病變進行切除或者活檢，既減少手術次數和手術對病人的創傷，又節約手術費用。
2、腦室內囊腫、腦內囊性病變、腦囊蟲病、腦室壁的病變：如腫瘤、腦膿腫、腦室炎、Rathke's囊腫等都可採用神經內鏡手術治療。
3、顱內蛛網膜囊腫：外側裂蛛網膜囊腫、鞍上囊腫、枕大池囊腫、大腦凸面囊腫等，採用內鏡手術，在內鏡下開啟囊壁多點造瘻，部分患者可全切除病變，大多能徹底緩解腦積水。
4、垂體瘤：絕大多數垂體瘤可內鏡下經鼻入路切除，特別是向蝶竇方向生長的腫瘤，因照明好，可將內鏡伸入瘤腔觀察有無殘留等，腫瘤全切率高，創傷更小，可不填塞鼻腔，術後痛苦小。
5、斜坡腫瘤：如脊索瘤、骨瘤等，蝶竇內腫瘤、海綿竇內腫瘤等常規開顱難以到達並顯露的腫瘤，都可採用經鼻腔入路的內鏡手術治療，外部沒有切口。
6、腦腫瘤：
一些顱內膠質瘤、血管母細胞瘤、膠樣囊腫、顱咽管瘤、鞍結節及嗅溝腦膜瘤等可採用內鏡手術切除；CPA區佔位病變如聽神經瘤、膽脂瘤等也可在內鏡輔助下切除，而後者在內鏡下更利於徹底切除。
7、腦脊液漏、視神經管損傷、慢性硬膜下血腫、腦室出血和腦出血：同傳統手術相比，手術創傷小，術後併發症少。
8、微血管減壓術：三叉神經痛、面肌痙攣、舌咽神經痛都和頑固性眩暈等均可在內鏡下進行神經血管減壓術。
9、Chiari畸形：即小腦扁桃體下疝畸形。對一些合併腦積水的患者，可進行第三腦室底造瘻術；對部分患者，可在內鏡下行枕大孔減壓術，創傷很小，恢復快。
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