急性甲溝炎應儘快採取有效治療，防止出現甲床損傷。可選擇抗菌譜能覆蓋需氧菌和厭氧菌的廣譜抗菌藥物治療，如阿莫西林/克拉維酸，若48小時症狀未見改善，應採取外科治療。
慢性甲溝炎根據需要給予抗真菌藥物（首選唑類藥物）或抗菌藥物治療，治療需持續至炎症消退、甲小皮重建並粘附在甲板上，常需3個月以上。對於反覆出現急性加重的患者，可採取皮損內或系統應用糖皮質激素聯合系統抗菌藥物治療1周。由西妥昔單抗引起的慢性甲溝炎可給予口服多西環素，每次100mg，每日2次。
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