為什麼植入的胚胎不能著床成功，一直是治療不孕症的醫生、生殖醫學科學家及不孕相關從業人員極想知道及探討的問題。經過不孕症醫生及生殖科學家的研究，胚胎著床失敗的原因可歸納於下列幾種：
(一)子宮內膜接納胚胎的能力下降：此又可分為幾個原因所引起
(1)子宮構造異常，如：子宮先天發育畸形(雙角子宮、子宮腔有中隔)、子宮內膜息肉、子宮內膜炎和子宮腔內肌瘤。。
(2)子宮內膜薄：曾經因流產做過子宮搔刮術、月經不正常(持續月經來潮)或血液迴圈不好，都會造成子宮內膜。
(3) 子宮腔持續積水：輸卵管水腫及不通會造成子宮腔積水，這是因為輸卵管的積水因輸卵管傘部(尾端)阻塞，造成輸卵管內的積水往子宮腔流之故。持續性的子宮腔積水會造成胚胎著床失敗。但多囊性卵巢症患者她們在接受排卵藥物刺激之後，偶爾也會引起子宮腔積水，但不會造成著床不易(失敗)的問題。
(4)子宮內膜細胞分泌的黏著蛋白的品質不好或是量不足或是子宮腔內某種細胞素的量太多或太少，都會影響胚胎的著床成功與否。
(5)有自體免疫疾病或有血栓形成體質和習慣性流產有關是不爭的事實，但和胚胎重複著床失敗是否有關聯，目前還沒有定論。
(二)植入子宮的胚胎本身有缺陷：
(1)夫妻染色體有異常會影響胚胎的發育，使胚胎長到某一階段即會停止生長。妻子患有染色體異常，像染色體平衡對調、嵌合型染色體、染色體反向轉位、染色體缺失、染色體斷裂(尤其是斷裂在染色體中央節部位時，即使年輕婦女做試管嬰兒重複失敗的機會也會較高)。有些精蟲稀少活動力不好的患者，將他們的精蟲做熒光抗體雜交檢查精蟲染色體數目是否正常，發現他們的精蟲染色體數目異常的比例會比精蟲數量正常及活動力正常者為高。
發現重複試管嬰兒助孕失敗的案例，胚胎染色體異常的比例高達60％，所以很多植入子宮內的胚胎著床失敗是因為胚胎本身染色體異常所致。這些染色體異常的胚胎有時外表看起來細胞大小正常、分裂速度也正常且在胚胎分級上是屬於一級或二級的優良胚胎。受術婦女年齡越大，胚胎不正常的機會也越大。
(2)包圍卵子的透明帶，在卵子受精前和胚胎孵化著床前是用來保護卵子和胚胎。如果胚胎在體外培養過久，透明帶會變厚及變硬;年紀大的婦女所排出的卵子其透明帶也較厚。透明帶太厚或太硬有可能會引起胚胎著床失敗。
(3)體外培養環境不好，包括培養液不良、溫度不當或操作技術欠佳，都可能損害胚胎，引起胚胎著床失敗。
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